La libertà religiosa in Egitto è ostacolata in varia misura da politiche governative discriminatorie e restrittive. Anche i cristiani copti, essendo la più grande minoranza religiosa in Egitto, sono colpiti negativamente. I copti hanno affrontato una crescente emarginazione dopo il colpo di stato del 1952 guidato da Gamal Abdel Nasser. Fino a poco tempo fa, i cristiani dovevano ottenere l’approvazione presidenziale anche per piccole riparazioni nelle chiese. Anche se la legge è stata alleggerita nel 2005, trasferendo l’autorità di approvazione ai governatori, i copti continuano ad affrontare molti ostacoli e restrizioni nella costruzione di nuove chiese. Queste restrizioni non si applicano alla costruzione di moschee.
La comunità copta è stata presa di mira con crimini d’odio dagli estremisti islamici. Il più significativo è stato l’attentato di El Kosheh del 2000-01, in cui musulmani e cristiani sono stati coinvolti in sanguinosi scontri interreligiosi a seguito di una disputa tra un musulmano e un cristiano. “Venti cristiani e un musulmano sono stati uccisi dopo che la violenza è scoppiata nella città di el-Kosheh, 440 chilometri (270 miglia) a sud del Cairo”. International Christian Concern ha riferito che nel febbraio 2001 i musulmani hanno bruciato una nuova chiesa egiziana e le case di 35 cristiani, e che nell’aprile 2001 una ragazza cristiana egiziana di 14 anni è stata rapita perché si credeva che i suoi genitori ospitassero una persona che si era convertita dall’Islam al cristianesimo.
Nel 2006, una persona ha attaccato tre chiese ad Alessandria, uccidendo una persona e ferendone 5-16. L’aggressore non era legato a nessuna organizzazione e fu descritto come “psicologicamente disturbato” dal ministero dell’Interno. Nel maggio 2010, il Wall Street Journal ha riferito di ondate crescenti di attacchi da parte di musulmani contro l’etnia copta. Nonostante le frenetiche richieste di aiuto, la polizia di solito arrivava dopo che la violenza era finita. La polizia ha anche costretto i copti ad accettare la “riconciliazione” con i loro aggressori per evitare di perseguirli, e nessun musulmano è stato condannato per nessuno degli attacchi. A Marsa Matrouh, una folla beduina di 3.000 musulmani ha cercato di attaccare la popolazione copta della città, con 400 copti che si sono dovuti barricare nella loro chiesa mentre la folla distruggeva 18 case, 23 negozi e 16 automobili.
Il giornalista John R. Bradley, scrivendo intorno al 2008, ha notato che
” … altre lamentele di lunga data dei copti includono la sottorappresentazione dei cristiani nella polizia, nella magistratura, nelle forze armate, nel servizio civile, nel governo e nel sistema scolastico. C’è anche un divieto virtuale di accesso alla radio e alla televisione controllate dallo stato. Un esempio spesso citato di discriminazione ufficiale è una legge che, fino a poco tempo fa, richiedeva l’approvazione presidenziale personale per effettuare anche semplici riparazioni in chiesa, come la riparazione di un bagno e che è stata accusata di ritardi di oltre un decennio nel rilascio dei permessi per costruire chiese. Mubarak ha allentato la legge nel 2005, delegando tale responsabilità ai governatori locali.”
I membri del Congresso americano hanno espresso preoccupazione per il “traffico di esseri umani”. Congresso hanno espresso preoccupazione per il “traffico di esseri umani” di donne e ragazze copte che sono vittime di rapimenti, conversione forzata all’Islam, sfruttamento sessuale e matrimonio forzato con uomini musulmani.
Boutros Boutros-Ghali era un copto che è stato ministro degli esteri egiziano sotto il presidente Anwar Sadat. Durante il regime di Mubarak, c’erano due copti che servivano nel gabinetto governativo egiziano: Il ministro delle Finanze Youssef Boutros Ghali e il ministro dell’Ambiente Magued George. C’era anche un governatore copto su 25, quello del governatorato superiore egiziano di Qena, e il primo governatore copto in pochi decenni. Inoltre, Naguib Sawiris, un uomo d’affari di grande successo, è un copto che ha vissuto in Egitto in quel periodo. Nel 2002, sotto il governo Mubarak, il Natale copto (7 gennaio) è stato riconosciuto come festa ufficiale. Tuttavia, molti copti continuano a lamentarsi di essere minimamente rappresentati nelle forze dell’ordine, nella sicurezza dello stato e negli uffici pubblici, e di essere discriminati nella forza lavoro sulla base della loro religione. La maggior parte dei copti non sostiene l’indipendenza o il movimento di separazione dagli altri egiziani.
I copti non sono rappresentati ed emarginati nella politica, nella burocrazia e nella società egiziana. Minoranze a rischio riferisce che non ci sono governatori, presidenti di università o rettori cristiani nel paese. La discriminazione ufficiale e non ufficiale contro i copti si manifesta in forme quali svantaggi nell’istruzione e nel sistema giudiziario, violenze da parte di militanti islamici e restrizioni all’attività e all’espressione religiosa.
Mentre la libertà di religione è garantita dalla costituzione egiziana, secondo Human Rights Watch, “gli egiziani possono convertirsi all’islam in genere senza difficoltà, ma i musulmani che si convertono al cristianesimo incontrano difficoltà a ottenere nuovi documenti di identità e alcuni sono stati arrestati per aver presumibilmente falsificato tali documenti”. La comunità copta, tuttavia, si preoccupa di prevenire le conversioni dal cristianesimo all’islam a causa della facilità con cui i cristiani possono spesso diventare musulmani. I funzionari pubblici, essendo essi stessi conservatori, intensificano la complessità delle procedure legali necessarie per riconoscere il cambiamento di religione come richiesto dalla legge. Le agenzie di sicurezza a volte affermano che tali conversioni dall’islam al cristianesimo (o occasionalmente viceversa) possono suscitare disordini sociali, e quindi si giustificano nel trattenere ingiustamente i soggetti, insistendo sul fatto che stanno semplicemente prendendo provvedimenti per prevenire il verificarsi di probabili disordini sociali. Nel 2007, un tribunale amministrativo del Cairo ha negato a 45 cittadini il diritto di ottenere documenti d’identità che documentassero la loro reversione al cristianesimo dopo essersi convertiti all’Islam. Tuttavia, nel febbraio 2008 la Corte amministrativa suprema ha ribaltato la decisione, permettendo a 12 cittadini che erano tornati al cristianesimo di elencare nuovamente la loro religione sulle carte d’identità, ma specificando che avevano adottato l’Islam per un breve periodo di tempo.
Il censimento egiziano del 1897 riportava la percentuale di non musulmani nelle province urbane al 14,7% (13,2% cristiani, 1,4% ebrei). Il censimento egiziano del 1986 riportava la percentuale di non musulmani nelle province urbane al 6,1% (5,7% cristiani, 0% ebrei). Il declino della rappresentanza ebraica viene interpretato attraverso la creazione dello stato di Israele, e la successiva emigrazione degli ebrei egiziani. Non c’è spiegazione per un declino del 55% nella percentuale di cristiani in Egitto. È stato suggerito che i censimenti egiziani tenuti dopo il 1952 sono stati politicizzati per sottorappresentare la popolazione cristiana.
Nell’agosto 2013, dopo il colpo di stato del 3 luglio 2013 e gli scontri tra i militari e i sostenitori di Morsi, ci sono stati diffusi attacchi alle chiese e istituzioni copte in Egitto da parte dei sostenitori di Morsi. Secondo almeno uno studioso egiziano (Samuel Tadros), gli attacchi sono la peggiore violenza contro la Chiesa copta dal XIV secolo.
USA Today ha riportato che “quaranta chiese sono state saccheggiate e incendiate, mentre altre 23 sono state attaccate e pesantemente danneggiate”. La pagina Facebook del Partito Libertà e Giustizia dei Fratelli Musulmani era “piena di false accuse volte a fomentare l’odio contro i copti”, secondo la giornalista Kirsten Powers. La pagina del partito sosteneva che la Chiesa copta aveva dichiarato “guerra contro l’Islam e i musulmani” e che “Il Papa della Chiesa è coinvolto nella rimozione del primo presidente islamista eletto”. Il Papa della Chiesa sostiene che la sharia islamica è arretrata, testarda e reazionaria”. Il 15 agosto, nove gruppi egiziani per i diritti umani, sotto il gruppo ombrello “Iniziativa egiziana per i diritti della persona”, hanno rilasciato una dichiarazione dicendo,
A dicembre … i leader della Fratellanza hanno iniziato a fomentare l’incitamento settario anticristiano. L’incitamento e le minacce anticoptiche sono continuate senza sosta fino alle manifestazioni del 30 giugno e, con la rimozione del presidente Morsi … si sono trasformate in violenza settaria, che è stata sancita da … la continua retorica anticopta sentita dai leader del gruppo sul palco … durante tutto il sit-in.