Hay mucho debate sobre las definiciones de homoplasia y homología, y sobre cómo identificarlas entre los estados de carácter utilizados en un análisis filogenético. Muchos defienden lo que yo llamo un «enfoque procesual», en el que la información sobre genética, desarrollo, función u otros criterios ayudan a priori a identificar dos estados de carácter como homólogos u homoplásticos. Argumento que los procesos representados por estos criterios son insuficientemente conocidos para la mayoría de los organismos y la mayoría de los caracteres para ser utilizados de forma fiable para identificar homoplasias y homologías. En su lugar, aunque no es infalible, la filogenia debería ser la prueba definitiva de la homología. Se supone que los estados de los caracteres son homólogos a priori porque esto es falsificable y porque su inclusión inicial en el análisis de los estados de los caracteres se basa en la suposición de que pueden ser filogenéticamente informativos. Si se descartan como simplesiomorfías o sinapomorfías en un análisis filogenético, su estatus de homologías no se puede falsificar. Si caen como homoplasias, habiendo evolucionado de forma independiente en más de un clado, su estatus como homólogos es falsificado, y se identifica una homoplasia. Las series de transformación de caracteres, la morfología funcional, los niveles más finos de comparación morfológica y la distribución y correlación de los caracteres ayudan a explicar la presencia de homoplasias en una filogenia determinada. Explicar estas homoplasias, y no ignorarlas como «ruido», debería ser un objetivo del análisis filogenético tanto como la producción de una filogenia. Se dan ejemplos del registro fósil de los hominoideos del Mioceno para ilustrar las ventajas de un enfoque de proceso-información-reconocimiento de patrones-después-del-hecho para entender la evolución de los estados de los caracteres.