Las subespecialidades propias de la cirugía pediátrica son: la cirugía neonatal y la cirugía fetal.
Otras áreas de la cirugía también tienen especialidades pediátricas propias que requieren una mayor formación durante las residencias y en un fellowship: cardiotorácica pediátrica (cirugía del corazón y/o los pulmones del niño, incluido el trasplante de corazón y/o pulmón), cirugía nefrológica pediátrica (cirugía de los riñones y los uréteres del niño, incluido el trasplante renal, o de riñón), neurocirugía pediátrica (cirugía del cerebro, el sistema nervioso central, la médula espinal y los nervios periféricos del niño), cirugía urológica pediátrica (cirugía de la vejiga urinaria del niño y de otras estructuras situadas por debajo del riñón necesarias para la eyaculación), cirugía de urgencia pediátrica, la cirugía de fetos o embriones (que se solapa con la cirugía obstétrico-ginecológica, la neonatología y la medicina materno-fetal), la cirugía de adolescentes o adultos jóvenes, la cirugía pediátrica hepatológica (hígado) y gastrointestinal (estómago e intestinos) (incluido el trasplante hepático e intestinal en niños) la cirugía ortopédica pediátrica (cirugía muscular y ósea en niños), la cirugía plástica y reconstructiva pediátrica (por ejemplo, en caso de quemaduras o de defectos congénitos como el paladar hendido que no afectan a los órganos principales) y la cirugía oncológica pediátrica (cáncer infantil).