Conflicto
Los combates comenzaron el 12 de enero de 1904 en la pequeña ciudad de Okahandja, sede del cacicazgo herero bajo el líder supremo Samuel Maharero. Todavía no está claro quién hizo los primeros disparos, pero al mediodía de ese día los combatientes herero habían sitiado el fuerte alemán. En las semanas siguientes, los combates se extendieron por las tierras altas del centro. Para controlar la situación, Maharero dictó unas normas de combate específicas que prohibían la violencia contra mujeres y niños. Sin embargo, 123 colonos y soldados murieron en estos ataques, entre ellos al menos cuatro mujeres.
El comandante militar y gobernador de la colonia, Theodor Leutwein, estuvo a cargo de la respuesta alemana. Dado que los herero estaban bien armados y, además, superaban en número a la guarnición colonial alemana, era partidario de una solución negociada del conflicto. Sin embargo, fue desautorizado por el Estado Mayor en Berlín, que exigía una solución militar. El 13 de abril, las tropas de Leutwein se vieron obligadas a emprender una embarazosa retirada, por lo que el gobernador fue relevado del mando militar. En su lugar, el emperador alemán, Guillermo II, nombró al teniente general Lothar von Trotha como nuevo comandante en jefe. Era un veterano colonial de las guerras en el África Oriental Alemana y de la Rebelión de los Bóxers en China.
Von Trotha llegó el 11 de junio de 1904. En ese momento no había habido ningún combate importante durante dos meses. Los herero habían huido a la remota meseta de Waterberg, al borde del Kalahari (desierto), para distanciarse de las tropas alemanas y de las líneas de suministro, en un intento de evitar más batallas y esperar con seguridad una posible negociación para la paz o, en caso de ser necesario, estar bien posicionados para escapar a la Bechuanalandia británica (actual Botsuana). Von Trotha aprovechó esta pausa para rodear gradualmente a los herero. Trasladar sus tropas a la meseta de Waterberg fue una gran empresa, teniendo en cuenta que los mapas alemanes de esta zona estaban incompletos y porque había que acarrear agua a través del escarpado terreno, junto con la artillería pesada que sería vital para un ataque exitoso. La estrategia expresada por el general era «aniquilar estas masas con un golpe simultáneo»
En la madrugada del 11 de agosto de 1904, von Trotha ordenó a sus 1.500 soldados que atacaran. Enfrentados a unos 40.000 hereros, de los que sólo unos 5.000 llevaban armas, los alemanes confiaron en el elemento sorpresa, así como en su moderno armamento. La estrategia funcionó. Los continuos bombardeos de la artillería lanzaron a los combatientes herero a una ofensiva desesperada, esperada por las ametralladoras alemanas. A última hora de la tarde los Herero estaban derrotados. Sin embargo, un débil flanco alemán al sureste permitió a la mayoría de la nación Herero realizar una huida desesperada hacia el Kalahari. En este éxodo hacia la Bechuanalandia británica, muchos miles de hombres, mujeres y niños acabaron muriendo de sed.
En los meses siguientes, von Trotha siguió persiguiendo a los herero en el desierto. Los que se rendían o eran capturados por los alemanes eran a menudo ejecutados sumariamente. A principios de octubre, sin embargo, von Trotha se vio obligado a abandonar la persecución, debido al agotamiento y a la falta de suministros.