La libertad religiosa en Egipto se ve obstaculizada en diversos grados por políticas gubernamentales discriminatorias y restrictivas. Los cristianos coptos, al ser la mayor minoría religiosa de Egipto, también se ven afectados negativamente. Los coptos se han enfrentado a una creciente marginación tras el golpe de Estado de 1952 dirigido por Gamal Abdel Nasser. Hasta hace poco, los cristianos debían obtener la aprobación presidencial incluso para realizar pequeñas reparaciones en las iglesias. Aunque la ley se suavizó en 2005 al ceder la autoridad de aprobación a los gobernadores, los coptos siguen enfrentándose a muchos obstáculos y restricciones para construir nuevas iglesias. Estas restricciones no se aplican a la construcción de mezquitas.
La comunidad copta ha sido objeto de crímenes de odio por parte de extremistas islámicos. El más significativo fueron los atentados de El Kosheh de 2000-01, en los que musulmanes y cristianos se vieron envueltos en sangrientos enfrentamientos interreligiosos tras una disputa entre un musulmán y un cristiano. «Veinte cristianos y un musulmán murieron tras estallar la violencia en la ciudad de El Kosheh, a 440 kilómetros (270 mi) al sur de El Cairo». International Christian Concern informó de que en febrero de 2001, los musulmanes quemaron una nueva iglesia egipcia y las casas de 35 cristianos, y que en abril de 2001 una niña cristiana egipcia de 14 años fue secuestrada porque se creía que sus padres albergaban a una persona que se había convertido del islam al cristianismo.
En 2006, una persona atacó tres iglesias en Alejandría, matando a una persona e hiriendo a 5-16. El atacante no estaba vinculado a ninguna organización y el Ministerio del Interior lo describió como «perturbado psicológico». En mayo de 2010, The Wall Street Journal informó de las crecientes oleadas de ataques de turbas musulmanas contra personas de etnia copta. A pesar de las frenéticas llamadas de socorro, la policía solía llegar cuando ya había terminado la violencia. La policía también coaccionó a los coptos para que aceptaran la «reconciliación» con sus atacantes para evitar procesarlos, y ningún musulmán fue condenado por ninguno de los ataques. En Marsa Matrouh, una turba beduina de 3.000 musulmanes intentó atacar a la población copta de la ciudad, y 400 coptos tuvieron que atrincherarse en su iglesia mientras la turba destruía 18 casas, 23 tiendas y 16 coches.
El periodista John R. Bradley, escribiendo alrededor de 2008, señaló que
» … otras quejas de larga data de los coptos incluyen la escasa representación de los cristianos en la policía, el poder judicial, las fuerzas armadas, la administración pública, el gobierno y el sistema educativo. También existe una prohibición virtual de acceso a la radio y la televisión controladas por el Estado. Un ejemplo muy citado de discriminación oficial es una ley que, hasta hace poco, exigía la aprobación personal del presidente para llevar a cabo incluso reparaciones sencillas en las iglesias, como arreglar un retrete, y a la que se achacaban los retrasos de más de una década en la concesión de permisos para construir iglesias. Mubarak suavizó la ley en 2005, delegando dicha responsabilidad en los gobernadores locales.»
Miembros del Congreso de EE. Congreso han expresado su preocupación por el «tráfico de personas» de mujeres y niñas coptas que son víctimas de secuestros, conversión forzada al Islam, explotación sexual y matrimonio forzado con hombres musulmanes.
Boutros Boutros-Ghali era un copto que fue ministro de Asuntos Exteriores de Egipto bajo el mandato del presidente Anwar Sadat. Durante el régimen de Mubarak, había dos coptos en el gabinete gubernamental de Egipto: El ministro de Finanzas, Youssef Boutros Ghali, y el ministro de Medio Ambiente, Magued George. También hubo un gobernador copto de 25, el de la gobernación de Qena, en el Alto Egipto, y el primer gobernador copto en unas décadas. Además, Naguib Sawiris, un empresario de gran éxito, es un copto que vivió en Egipto durante esa época. En 2002, bajo el gobierno de Mubarak, la Navidad copta (7 de enero) fue reconocida como fiesta oficial. Sin embargo, muchos coptos siguen quejándose de estar mínimamente representados en las fuerzas del orden, la seguridad del Estado y los cargos públicos, y de ser discriminados en el trabajo por su religión. La mayoría de los coptos no apoyan el movimiento de independencia o separación del resto de los egipcios.
Los coptos no están representados y están marginados en la política, la burocracia y la sociedad egipcias. Minorías en Riesgo informa de que no hay gobernadores, presidentes de universidades o decanos cristianos en el país. La discriminación oficial y no oficial contra los coptos se manifiesta en formas tales como desventajas en la educación y el sistema judicial, violencia por parte de militantes islámicos y restricciones a la actividad y expresión religiosa.
Aunque la libertad de religión está garantizada por la constitución egipcia, según Human Rights Watch, «los egipcios pueden convertirse al Islam generalmente sin dificultad, pero los musulmanes que se convierten al cristianismo se enfrentan a dificultades para obtener nuevos documentos de identidad y algunos han sido detenidos por la presunta falsificación de dichos documentos.» La comunidad copta, sin embargo, se esfuerza por impedir las conversiones del cristianismo al islam, debido a la facilidad con la que los cristianos suelen convertirse en musulmanes. Los funcionarios públicos, al ser ellos mismos conservadores, intensifican la complejidad de los procedimientos legales necesarios para reconocer el cambio de religión como exige la ley. Los organismos de seguridad alegan a veces que esas conversiones del islam al cristianismo (u ocasionalmente a la inversa) pueden suscitar malestar social, y se justifican así al detener injustamente a los sujetos, insistiendo en que simplemente están tomando medidas para evitar que se produzcan probables problemas sociales. En 2007, un tribunal administrativo de El Cairo denegó a 45 ciudadanos el derecho a obtener documentos de identidad que documentaran su reversión al cristianismo tras convertirse al islam. Sin embargo, en febrero de 2008 el Tribunal Administrativo Supremo revocó la decisión, permitiendo a 12 ciudadanos que se habían convertido al cristianismo volver a inscribir su religión en los documentos de identidad, pero especificando que habían adoptado el Islam durante un breve periodo de tiempo.
El censo egipcio de 1897 informaba de que el porcentaje de no musulmanes en las provincias urbanas era del 14,7% (13,2% cristianos, 1,4% judíos). El censo egipcio de 1986 indica que el porcentaje de no musulmanes en las provincias urbanas es del 6,1% (5,7% de cristianos, 0% de judíos). La disminución de la representación judía se interpreta a través de la creación del estado de Israel y la posterior emigración de los judíos egipcios. No hay explicación para el descenso del 55% en el porcentaje de cristianos en Egipto. Se ha sugerido que los censos egipcios realizados después de 1952 han sido politizados para infrarrepresentar a la población cristiana.
En agosto de 2013, tras el Golpe de Estado del 3 de julio de 2013 y los enfrentamientos entre los militares y los partidarios de Morsi, se produjeron ataques generalizados contra iglesias e instituciones coptas en Egipto por parte de los partidarios de Morsi. Según al menos un erudito egipcio (Samuel Tadros), los ataques son la peor violencia contra la Iglesia copta desde el siglo XIV.
USA Today informó de que «cuarenta iglesias han sido saqueadas e incendiadas, mientras que otras 23 han sido atacadas y fuertemente dañadas». La página de Facebook del Partido de la Libertad y la Justicia de los Hermanos Musulmanes estaba «plagada de falsas acusaciones destinadas a fomentar el odio contra los coptos», según la periodista Kirsten Powers. La página del partido afirmaba que la Iglesia copta había declarado «la guerra al Islam y a los musulmanes» y que «el Papa de la Iglesia está implicado en la destitución del primer presidente islamista elegido». El Papa de la Iglesia alega que la sharia islámica es retrógrada, obstinada y reaccionaria». El 15 de agosto, nueve grupos egipcios de derechos humanos, bajo el grupo «Iniciativa Egipcia por los Derechos de la Persona», hicieron pública una declaración en la que decían:
En diciembre… los líderes de la Hermandad comenzaron a fomentar la incitación sectaria anticristiana. La incitación y las amenazas anticópticas continuaron sin cesar hasta las manifestaciones del 30 de junio y, con la destitución del presidente Morsi … se transformó en violencia sectaria, que fue sancionada por … la continua retórica anticóptica que se escuchó de los líderes del grupo en el escenario … durante toda la sentada.