El origen del cuscús es incierto. Puede haber sido inventado por los bereberes. Lucie Bolens, de la Universidad de Ginebra, dice que los bereberes ya preparaban cuscús desde el año 238 hasta el 149 a. de. C., describiendo las ollas primitivas de cuscús encontradas en las tumbas que datan del reinado del rey bereber númido Masinisa.
Una de las primeras referencias al cuscús procede de un escrito anónimo del siglo XIII sobre cocina, Kitāb al-taṭbīj fī l-Magrib wa-l-Andalus (Libro de la cocina en el Mágreb y Al-Ándalus) en el que se menciona una receta para preparar el cuscús. El cuscús fue un plato muy apreciado en Al-Ándalus y entre la población morisca durante los siglos posteriores, como lo muestra el hecho de que en castellano antiguo exista una denominación para este plato: alcuzcuz. En valenciano aparece ya en el Tirant lo Blanch (1464) de Joanot Martorell, que lo menciona como «cuscusó» (cap. 137). Lo encontramos también con el nombre de «alcuzcuzú» en El retrato de la lozana andaluza de Francisco Delicado, novela publicada en Venencia en 1528: «…que en su poder deprendí hacer fideos, empanadillas, alcuzcuzú con garbanzos, arroz entero, seco, graso, albondiguillas redondas y apretadas con culantro verde…» En el Quijote se menciona indirectamente, cuando, en el capítulo 9 de la Primera parte, el narrador contrata a un morisco para traducir del árabe unos manuscritos sobre don Quijote a cambio de «dos arrobas de pasas y dos fanegas de trigo». Francisco Rico, en su edición de la novela, comenta a propósito de este pasaje: «Con las pasas y la sémola del trigo se preparaba el alcuzcuz, plato muy apreciado por los moros».