La Misión San Juan Capistrano ha sido el hogar de muchas personas a lo largo de sus 240 años de historia. Su historia se compone de recuerdos e historias de sus habitantes pasados y de los visitantes actuales. Es un lugar de importancia histórica, cultural y religiosa, así como un lugar de inspiración y educación.
La Misión de San Juan Capistrano fue fundada permanentemente por Junípero Serra el 1 de noviembre de 1776, como la séptima de las 21 misiones que los españoles establecieron en California. Originalmente se había iniciado a finales de octubre de 1775, pero tuvo que ser abandonada después de sólo una semana. Una partida de guerra kumeyaay destruyó la Misión de San Diego a principios de noviembre, y los soldados recibieron la orden de volver a San Diego para reforzar la guarnición de allí. Los sacerdotes tuvieron que ir a San Diego con los soldados.
La Misión de San Juan Capistrano se estableció para ampliar los límites territoriales de España y para difundir el cristianismo a los pueblos nativos de California. Las misiones y los presidios (fuertes) se proyectaron como las principales instituciones para la expansión del dominio español. Las misiones debían ser agentes de asimilación, convenciendo a los nativos para que se hicieran católicos y enseñándoles los fundamentos de la vida agrícola y aldeana española. El objetivo era transformarlos en súbditos españoles autosuficientes y miembros del orden colonial. Los presidios debían proteger las misiones de los nativos hostiles y también proteger el territorio de posibles incursiones de Rusia u otras potencias europeas.
El establecimiento de la misión de San Juan Capistrano en 1776 supuso muchos cambios y desafíos para los indígenas acjachemen (Ah-HAWSH-eh-men). Los españoles trajeron consigo nuevos tipos de tecnología, ropa, alimentos, animales e ideas. Los misioneros animaron a los acjachemen a conocer la fe católica y a bautizarse para unirse a la Misión. Sin embargo, unirse oficialmente a la Misión significaba que los acjachemen tenían que cambiar casi todo en su vida. Tenían que cambiar su cultura, su lengua, su religión, su trabajo, su ropa, su comida e incluso su horario diario.
La decisión de unirse a las misiones no siempre fue fácil. El historiador de las misiones de California, Steven Hackel, explica que con la llegada de los españoles «llegaron caballos, mulas, bueyes y ovejas, y se multiplicaron y prosperaron. También devastaron las plantas y los animales autóctonos, dando forma a gran parte del paisaje de California, ahora icónico, de laderas desprovistas de todo excepto robles y hierbas secas. Los indígenas del estado se vieron obligados a encontrar nuevas fuentes de alimento, y muchos de ellos no tuvieron más remedio que abandonar sus pueblos para ir a las misiones»
Además, vivir en la Misión también significaba exponerse a los gérmenes. Con su llegada, los españoles expusieron involuntariamente a los nativos americanos a enfermedades como la neumonía, la tuberculosis, el sarampión y la sífilis. Sin los conocimientos médicos modernos, la prevención de la propagación de enfermedades tuvo poco éxito. La cercanía, las malas condiciones sanitarias y la falta de inmunidad natural a las enfermedades comunes europeas resultaron fatales para la población indígena.
Se estima que unos 65.000 nativos americanos vivían en la zona costera de California (zona de la cadena de misiones) en 1770 y en 1830 sólo quedaban vivos 17.000, un descenso del 74%.
Después de 1812, la Misión comenzó a declinar. Muchos factores intervinieron en el declive de las Misiones, entre ellos el terremoto de diciembre de 1812 que provocó el derrumbe de la Gran Iglesia de Piedra, el descenso de la natalidad, el aumento de la tasa de mortalidad de la población nativa debido a las enfermedades, la incapacidad del gobierno español para proteger y abastecer adecuadamente a las Misiones con los bienes necesarios.
Para 1821, México consiguió su independencia de España, lo que convirtió a la Alta California en un territorio de México. Bajo la nueva dirección gubernamental, la Misión se enfrentó a un continuo declive.
En 1845, el gobernador Pío Pico vendió la propia Misión. La Misión fue vendida en una subasta a John Forster, cuñado del Gobernador Pico. Durante los siguientes 20 años, la Misión fue un rancho privado propiedad de la familia Forster.
California se convirtió en un estado en 1850. El obispo católico de California, Joseph Alemany, solicitó al gobierno de Estados Unidos que los edificios y las tierras de la misión fueran devueltos a la Iglesia Católica. En 1865, el presidente Abraham Lincoln devolvió la misión a la Iglesia católica.
A partir de la década de 1870 y a lo largo de la de 1900, artistas, fotógrafos y visionarios se interesaron por las misiones. Muchos líderes de la comunidad se unieron a la campaña de restauración. El Landmarks Club, liderado por Charles Lummis y el padre residente, el padre St. John O’Sullivan, fueron los mayores defensores de la preservación de la Misión de San Juan Capistrano, marcando el comienzo de una nueva era para el monumento.
Hoy en día la Misión es una experiencia de destino cultural, un lugar de inspiración, educación y preservación y sirve como un lugar vibrante de aprendizaje continuo, y de culto.