Fundada en 1886 por el pastor John Andrew Parker, un hombre liberado, la Iglesia Bautista Ebenezer de Atlanta, Georgia, tenía sólo 13 miembros y no tenía edificio para la iglesia cuando Parker falleció en 1894 y cuando Alfred Daniel Williams se convirtió en su segundo pastor. Los poderosos sermones de Williams y su gran capacidad de liderazgo hicieron que el número de feligreses aumentara a 750 en 1913. Inspirado por el deseo de toda la vida de predicar la palabra de Dios y por una experiencia de conversión, la devoción de Williams le permitió conseguir un terreno en la esquina de Auburn Avenue y Jackson Street en Atlanta y recaudar 25.000 dólares para un edificio que incluía un auditorio y una galería con capacidad para 1.250 personas. La iglesia comenzó a construir el nuevo edificio en marzo de 1914. Tras el fallecimiento del pastor Williams en 1931, el reverendo Martin Luther King, Sr., esposo de Alberta, hija del pastor Williams, asumió el liderazgo de Ebenezer.
El pastor King dirigió la iglesia mientras su esposa, Alberta Williams King, dirigía el ministerio de música. Su hijo, Martin, Jr. creció en este ambiente cristiano. Predicó su primer sermón en la iglesia en 1948, cuando tenía 19 años, y fue ordenado ministro poco después. Algunos de los sermones más duraderos del Dr. Martin Luther King, Jr. fueron pronunciados en Ebenezer, entre ellos «Las dimensiones de una vida completa», «¿Qué es el hombre?» y «Amar a tus enemigos».
Cuando el joven King terminó sus estudios de doctorado en la Facultad de Teología de la Universidad de Boston (Massachusetts) en 1954, aceptó un puesto de pastor en la Iglesia Bautista de Dexter Avenue en Montgomery, Alabama. Los miembros de la Iglesia Bautista Ebenezer asistieron en gran número a su servicio de instalación. Se reunió con su padre en Ebenezer como copastor y sirvió desde 1960 hasta 1968, cuando fue asesinado. Su hermano, A. D. Williams King, sirvió como copastor después del asesinato. «Papi» King, como se conocía al reverendo Martin Luther King, padre, continuó en ese cargo hasta su fallecimiento en 1975.
En 1980, se estableció el Sitio Histórico Nacional Martin Luther King, Jr. El sitio está compuesto por varios edificios situados alrededor de la casa de King en la avenida Auburn, en el histórico distrito de Sweet Auburn de Atlanta. Entre estas estructuras, el edificio original de la Iglesia Bautista Ebenezer ocupa un lugar destacado como patrimonio y desempeña un papel importante en la exploración de la vida y los logros del Dr. King. El sitio está ubicado en 35 acres. Hay un centro de visitantes con un museo del movimiento de los derechos civiles americanos que ilustra el camino seguido por el Dr. Martin Luther King, Jr. Hay un jardín de rosas «I Have a Dream» International World Peace y un monumento en honor a Mohandas K. Gandhi. El «Paseo Internacional de la Fama de los Derechos Civiles» rinde homenaje a aquellos cuyos sacrificios contribuyeron a hacer de la igualdad una realidad para todos. El centro es un punto focal durante los eventos del Día de Martin Luther King, Jr. y las celebraciones del Mes de la Historia Negra.
Hoy en día, Ebenezer Baptist, con una congregación de 6.000 personas, continúa sirviendo a la comunidad de Atlanta desde sus nuevas instalaciones en el Sitio Histórico King bajo la dirección del Reverendo Dr. Raphael G. Warnock. El Dr. Warnock sirvió anteriormente como pastor asistente de la Iglesia Bautista Abisinia de la ciudad de Nueva York y como pastor principal de la Iglesia Comunitaria Douglas Memorial de Baltimore, Maryland. Es el quinto ministro que lidera la congregación de Ebenezer y ha servido en esa capacidad desde 2005.