Historia de la Misión San Juan Bautista: 1797 a 1827
En 1797, el padre Junípero Serra dirigió una peregrinación católica romana para llevar el cristianismo a las tierras salvajes de California. Para el lugar, él y los franciscanos eligieron un sitio al pie de las montañas Gavilán, cerca de El Camino Real, que llamaron Misión de San Juan Bautista en honor a San Juan Bautista. El lugar fue elegido porque prometía una «abundante cosecha de almas» en el Valle de San Juan. A finales de la primavera, el cabo español Juan Ballesteros y cinco hombres llegaron, y en un mes levantaron una capilla, casas para ellos y los Padres, y un granero.
Entonces, sólo trece días después de haber dedicado la misión de San José, el Padre Lasuen llegó para la dedicación formal de la misión de San Juan Bautista el sábado 24 de junio de 1797.
Los primeros años de la misión de San Juan Bautista
El primer bautizo en San Juan Bautista fue un niño indio de unos diez años, con el cabo Ballesteros como padrino. El primer bautismo de blancos fue el hijo del cabo y el primer funeral, en septiembre, fue para su hijo pequeño.
Los padres José Manuel de Martiarena y Pedro Martínez, que supervisaron la construcción, encontraron a los nativos amables y cooperativos y la Misión de San Juan Bautista creció rápidamente. Los primeros seis meses fueron de mucho trabajo, y para Navidad, construyeron una iglesia de adobe, un monasterio, un granero, cuarteles, casas de guardia y casas de adobe para los neófitos. En 1800, más de 500 indios vivían en la misión de San Juan Bautista.
Terremoto de 1800 en la misión de San Juan Bautista
Cuando se fundó la misión de San Juan Bautista, nadie sabía que estaba situada encima de la falla de San Andrés. Sin embargo, pronto se enteraron de la falla y de sus temblores intermitentes. En octubre de 1798, los temblores fueron tan fuertes que los misioneros durmieron al aire libre durante todo el mes. Hubo hasta seis temblores en un día, lo que provocó enormes grietas en los edificios y en el suelo.
La Falla causó varios terremotos dañinos durante la historia temprana, pero la misión de San Juan Bautista nunca se movió. El primer terremoto importante ocurrió en octubre de 1800, haciendo un daño considerable, y una parte del edificio original se cayó.
Misión San Juan Bautista 1800-1820
La población indígena siguió aumentando, y para 1803 había planes para construir otra iglesia. La gente de toda la provincia fue invitada a una elaborada ceremonia que dio inicio a la construcción. La nueva iglesia de la misión de San Juan Bautista no se terminó hasta 1812.
En 1808, llegó un nuevo padre, el padre Arroyo de la Cuesta. El padre Cuesta era enérgico y entusiasta, y convenció a los constructores de que una iglesia amplia y de tres naves sería una ventaja inusual en este lugar. Debido a la influencia del padre Cuesta, fue la iglesia más grande de la provincia y la única estructura de este tipo jamás construida por los franciscanos en California.
Mientras la iglesia crecía, la congregación para la que fue planeada disminuía. En 1805, la población nativa era de 1.100 personas, pero en 1812 se redujo a menos de la mitad debido a la muerte y las deserciones. El gran espacio nuevo empequeñeció a las pequeñas congregaciones, y el padre de la Cuesta tapió las dos filas de arcos que separaban las tres naves de la iglesia.
En 1812, el padre Tapis se retiró del cargo de presidente y se unió al padre de la Cuesta. Las enseñanzas continuaron bajo el Padre Tapis desde 1812 hasta 1825.
Misión de San Juan Bautista 1820s – 1830s
Durante 1824, la población de la misión de San Juan Bautista creció de nuevo, con gente que se trasladaba desde el Valle de Tulare, posiblemente debido a las agresivas expediciones militares a los territorios del interior. La población alcanzó su punto máximo durante 1823, con 641 residentes masculinos y 607 femeninos. Ese año se construyeron 22 viviendas de adobe para los indios, y se informó de la restauración de corrales de adobe, un granero, un horno y salas de tejido con la nueva y numerosa mano de obra.
En 1827, un informe presentado al gobernador enumeraba el ganado de la misión de San Juan Bautista y las tierras del rancho, enumerando explotaciones que incluían 6.500 cabezas de ganado, 750 caballos, 37 mulas y ovejas. No había riego, pero los pastos estaban regados por un desbordamiento del río Pájaro. Obtenían buena madera de las montañas del noreste. Los manantiales de la sierra de Gavilán corrían para regar las huertas, la viña y el maizal.
En 1833, los franciscanos zacatecanos de México se hicieron cargo de la propiedad.