Ah, tantas opciones. Todas con inconvenientes.
Project64 es bastante bueno siempre que uses windows, y debido a la arquitectura basada en plugins por fin estamos viendo plugins en sitios como github. Así que no tienes que ir a cavar a través de viejos mensajes del foro muertos para encontrar las últimas versiones. Desafortunadamente, el propio Project64 no ha seguido el ejemplo. Descargarlo siempre es dudoso. Hubo rumores de que algunas versiones venían con virus. Después de usarlo durante un tiempo, el programa empieza a mostrar una ventana emergente cada vez que lo inicias, pidiendo que pagues por el programa, y no se puede cerrar durante 30 segundos. Dicho esto, este emulador, y quizás Cen64, son los únicos emuladores que conozco que son «portátiles» por defecto. Dado que la configuración del emulador de N64 puede ser muy, muy específica para el juego, puede ser bueno simplemente empaquetar todos los archivos para una instancia completa de un emulador, configuración y todo, con una ROM, y tratarla como un juego independiente.
Algunos hacks de Roms sólo funcionan con Project64 porque fueron desarrollados en Project64, así que tenga en cuenta eso.
Mupen64Plus es realmente bueno. Es multiplataforma y de código abierto. Ha visto un poco de desarrollo reciente. Puede ser un poco más de un dolor para obtener un paquete bien empaquetado, compilado, paquete que sólo puede descargar y utilizar ya que el programa central no viene con una interfaz gráfica de usuario. m64py es bueno, para eso. m64p es también muy bueno, aunque el desarrollador que alberga este comenzó a cobrar por ello. Todavía puedes compilar el paquete tú mismo si tienes los conocimientos, pero sigue siendo un dolor. También puedes usar RetroArch, pero creo que es muy poco intuitivo y la configuración puede ser una pesadilla. Creo que m64py tiene una build portable para windows, de lo contrario mupen usará por defecto la configuración en appdata, y se compartirá entre instancias.
Cen64 es un emulador muy preciso. Necesitas una máquina bestial, aunque ha mejorado bastante la velocidad. Pero si quieres una precisión total, es este. No hay mejoras gráficas ni nada por el estilo, sólo pura bondad de N64. Este, o uno de los otros emuladores con el plugin Angrylion son las únicas formas que conozco de jugar a Pokemon Snap en un emulador.
También puedes descargar Dolphin, el emulador de Wii, y empaquetar ROMs en wiles WAD para que se ejecuten en la consola virtual de Wii. Esto aparentemente funciona muy bien, aunque no lo he probado. Dado que no todos los juegos fueron lanzados en la consola virtual, los juegos que no lo fueron necesitan ser empaquetados como juegos que sí lo fueron, por lo que Dolphin los ejecutará con el emulador que estaba destinado a ejecutar ese juego en particular. Los juegos fuera de la biblioteca de la consola virtual tienen juegos que es mejor empaquetar como, y usted puede encontrar una lista de ellos en línea.