Los Havasupai vivían, cultivaban y cazaban en su territorio tradicional, que comprende los cañones y las mesetas del Cañón Havasu y sus alrededores, durante siglos antes de la llegada de los europeos. Cultivaban en los cañones en primavera y verano, y se trasladaban a las tierras de la meseta en otoño e invierno. En la década de 1870, cuando los mineros, ganaderos y colonos europeos llegaron al territorio de Arizona en un número cada vez mayor, aumentó la presión para confinar a los havasupai y a otras tribus en reservas pequeñas y delimitadas. En 1882, el Presidente Chester Arthur estableció la Reserva India Havasupai mediante una Orden Ejecutiva, y restringió a la tribu a 518 acres en el Cañón Havasu. El resto de sus tierras ancestrales fueron tomadas por el gobierno federal para uso público. Según los informes, los Havasupai desconocieron por completo la Orden Ejecutiva durante varios años. La reducción de sus tierras provocó un trastorno en el modo de vida de la tribu y una tensión constante entre la tribu y el Gobierno de los Estados Unidos.
Con la creación del Parque Nacional del Gran Cañón en 1919, la reserva quedó completamente rodeada de tierras del Parque Nacional. Por acuerdo con el gobierno federal, la reserva y los senderos que conducían a ella seguían siendo soberanos de la tribu Havasupai. La tribu presionó continuamente a Estados Unidos para que les devolviera más tierras ancestrales, aunque sin éxito. En la década de 1950, un superintendente del Gran Cañón, John McLaughlin, propuso hacerse cargo de la reserva, pero fue rechazado por la tribu.
Finalmente, la persistencia de la tribu empezó a dar sus frutos. En 1968 la tribu ganó un caso contra el gobierno ante la Comisión de Reclamaciones Indígenas. La sentencia establecía que las tierras habían sido arrebatadas ilegalmente a la tribu en 1882 y que ésta tenía derecho a recuperarlas pagando al gobierno el valor justo de mercado de la propiedad. A razón de 55 centavos por acre, el valor de las tierras se fijó en algo más de un millón de dólares. Sin embargo, la tribu siguió luchando para que se le devolvieran las tierras, sin tener que pagar por ellas. La tribu encontró el apoyo de la administración Nixon y comenzó a presionar para que se aprobara el proyecto de ley S. 1296 del Congreso, que devolvería las tierras a la tribu. Finalmente, en 1975, el Congreso estadounidense aprobó la Ley de Ampliación del Parque Nacional del Gran Cañón, que fue firmada por el presidente Gerald Ford el 4 de enero de 1975. Entre otras cosas, la ley devolvía a los havasupai 188.077 acres (76.112 ha) de tierras de la meseta y el cañón, que es lo que forma la reserva actual.
La tribu sigue hablando yuman, una de las 200 lenguas indígenas que aún se hablan en Norteamérica.