William III y María II gobernaron conjuntamente Gran Bretaña tras deponer al reyJames II en lo que se conoce como la Revolución Gloriosa de1688. Aunque María era hija de Jacobo, era una devota protestante, al igual que su marido, Guillermo (Príncipe de Orange), y muchos parlamentarios y nobles querían que María fuera la monarca en lugar de su padre, católico romano.En el otoño de 1688, después de que el Parlamento le pidiera que tomara medidas contra el rey Jacobo, Guillermo llegó a Inglaterra con un ejército para deponerlo. Jaime abandonó el país, abdicó y María fue invitada a ocupar el trono. Sin embargo, María no quería gobernar sola. Consideraba que su marido debía ser coronado en su lugar (también era nieto del rey Carlos I). Pero como Guillermo quería que la corona pasara al siguiente heredero legítimo (que era María) y no reclamar la corona por conquista, se llegó a un compromiso: María y Guillermo gobernarían conjuntamente.
En 1690, el padre de María hizo un intento de recuperar el trono, pero fue duramente derrotado en la Batalla del Boyne.Jacobo se sintió herido por lo que consideró una traición de sus dos hijas protestantes (su hija menor Ana también apoyó su deposición) y las repudió a ambas. María estaba preocupada por el distanciamiento de su padre, pero sentía que era su deber poner a su Dios, su país y su marido en primer lugar.