L’île Sudest, la plus grande, a été colonisée pour la première fois dans la dernière moitié du 18ème siècle, à l’époque où les autres atolls des Chagos étaient colonisés par les Français.
Le commandant Robert Moresby a fait un relevé de cet atoll et l’a cartographié en 1838. À cette époque, il y avait une plantation de cocotiers sur cet atoll. Une chaussée avait été construite pour relier les îles et des travaux de récupération des terres avaient été effectués. Finalement, certaines des îles ont fusionné les unes avec les autres.
Les îles Egmont n’étaient plus habitées dans la seconde moitié du 20e siècle, au moment où les Chagossiens ou Ilois ont été expulsés des Chagos.
En 1972-73, il y a eu une expédition sous-marine aux îles Egmont par les services interarmées (JSEI). Dirigée par le Sqn Leader « Dickie » Bird RAF, ce fut la première expédition de ce type aux Chagos. Le Cdr Alan Baldwin RN était le chef adjoint et le travail scientifique était effectué sous la direction du Dr David Bellamy. Son objectif était d’étudier la formation et la croissance des récifs coralliens, ainsi que la flore et la faune des îles. Les membres de l’expédition ont été transportés de Gan, l’atoll d’Addu, à l’atoll d’Egmont par le RFA Gold Ranger et, une fois leur étude terminée, ils ont été ramenés à Gan par le RFA Stromness. Suite à son succès, une deuxième expédition a été entreprise sur l’île du Danger l’année suivante.
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