Hus et le schisme occidental
Depuis 1378, l’Église catholique romaine était divisée par le schisme occidental, au cours duquel la juridiction papale était partagée entre deux papes. En tant que leader de la réforme, Hus se querella sans hésiter avec l’archevêque Zbyněk lorsque ce dernier s’opposa au concile de Pise (1409), convoqué pour détrôner les papes rivaux et réformer l’église. Le concile avait le soutien des maîtres tchèques de l’université de Prague, tandis que les maîtres allemands s’y opposaient. Les maîtres allemands, qui disposaient d’une majorité de voix dans les affaires universitaires, soutenaient l’archevêque, ce qui rendit le roi Wenceslas si furieux qu’en janvier 1409, il modifia la constitution de l’université en accordant aux maîtres tchèques trois voix chacun et aux Allemands une seule ; il en résulta une émigration massive des Allemands de Prague vers plusieurs universités allemandes. À l’automne 1409, Hus est élu recteur de l’université désormais dominée par les Tchèques.
La rupture définitive entre l’archevêque Zbyněk et Hus se produit lorsque le concile de Pise dépose à la fois le pape Grégoire XII, dont l’autorité est reconnue en Bohême, et l’antipape Benoît XIII et élit à leur place Alexandre V. Les papes déposés conservent toutefois leur juridiction sur des portions de l’Europe occidentale ; ainsi, au lieu de deux, il y a trois papes. L’archevêque et le haut clergé de Bohême restent fidèles à Grégoire, tandis que Hus et le parti réformateur reconnaissent le nouveau pape. Après avoir été contraint par les mesures punitives du roi de reconnaître Alexandre V comme le pape légitime, l’archevêque, grâce à un gros pot-de-vin, incite Alexandre à interdire la prédication dans les chapelles privées, y compris la chapelle de Bethléem. Hus refusa d’obéir à l’ordre du pape, sur quoi Zbyněk l’excommunia. Malgré sa condamnation, Hus continua à prêcher à la chapelle de Bethléem et à enseigner à l’université de Prague. Zbyněk fut finalement contraint par le roi de promettre à Hus son soutien devant la Curie romaine, mais il mourut ensuite subitement en 1411, et le leadership des ennemis de Hus passa à la Curie elle-même.
En 1412, l’affaire de l’hérésie de Hus, qui avait été tacitement abandonnée, fut relancée en raison d’une nouvelle dispute concernant la vente d’indulgences qui avaient été émises par le successeur d’Alexandre, l’antipape Jean XXIII, pour financer sa campagne contre Grégoire XII. Leur vente en Bohême avait suscité l’indignation générale mais avait été approuvée par le roi Venceslas qui, comme d’habitude, en partageait le produit. Hus dénonce publiquement ces indulgences devant l’université et, ce faisant, perd le soutien de Venceslas. Cela lui sera fatal. Les ennemis de Hus renouvellent alors son procès à la Curie, où il est déclaré en excommunication majeure pour avoir refusé de comparaître et où un interdit est prononcé sur Prague ou tout autre lieu où Hus pourrait résider, privant ainsi de certains sacrements de l’Église les communiants de la zone interdite. Afin d’épargner à la ville les conséquences de cet interdit, Hus quitte volontairement Prague en octobre 1412. Il trouve refuge principalement dans le sud de la Bohême, dans les châteaux de ses amis, et pendant les deux années suivantes, il se livre à une activité littéraire fébrile. Ses ennemis, notamment Stanislav et Páleč, écrivirent contre lui un grand nombre de traités polémiques, auxquels il répondit de manière tout aussi vigoureuse. Le plus important de ses traités est De ecclesia (L’Église). Il a également écrit un grand nombre de traités en tchèque et un recueil de sermons intitulé Postilla.
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