Hus i schizma zachodnia
Od 1378 r. Kościół rzymskokatolicki był podzielony przez schizmę zachodnią, podczas której jurysdykcja papieska została podzielona między dwóch papieży. Hus, jako przywódca reformy, bez wahania pokłócił się z arcybiskupem Zbyněkiem, gdy ten sprzeciwił się soborowi w Pizie (1409), który został zwołany w celu zdetronizowania rywalizujących papieży i zreformowania Kościoła. Sobór cieszył się poparciem czeskich mistrzów na Uniwersytecie Praskim, natomiast mistrzowie niemieccy byli mu przeciwni. Mistrzowie niemieccy, którzy mieli większość głosów w sprawach uniwersyteckich, poparli arcybiskupa, co tak rozwścieczyło króla Wacława, że w styczniu 1409 r. obalił konstytucję uniwersytecką, przyznając mistrzom czeskim po trzy głosy, a niemieckim tylko jeden; skutkiem tego była masowa emigracja Niemców z Pragi do kilku niemieckich uniwersytetów. Jesienią 1409 r. Hus został wybrany na rektora zdominowanego przez Czechów uniwersytetu.
Ostateczne zerwanie stosunków między arcybiskupem Zbyněkiem a Husem nastąpiło, gdy na soborze w Pizie obalono papieża Grzegorza XII, którego autorytet uznawano w Czechach, i antypapieża Benedykta XIII, a na ich miejsce wybrano Aleksandra V. Obaleni papieże zachowali jednak jurysdykcję nad częściami Europy Zachodniej; zamiast dwóch było więc trzech papieży. Arcybiskup i wyższe duchowieństwo w Czechach pozostało wierne Grzegorzowi, natomiast Hus i stronnictwo reformatorskie uznało nowego papieża. Po tym, jak został zmuszony przez króla do uznania Aleksandra V za prawowitego papieża, arcybiskup, dzięki dużej łapówce, nakłonił Aleksandra do zakazania głoszenia kazań w prywatnych kaplicach, w tym w kaplicy betlejemskiej. Hus odmówił wykonania polecenia papieża, w związku z czym Zbyněk obłożył go ekskomuniką. Mimo potępienia Hus nadal głosił kazania w kaplicy betlejemskiej i wykładał na uniwersytecie w Pradze. Zbyněk został w końcu zmuszony przez króla do obiecania Husowi poparcia przed Kurią Rzymską, ale zmarł nagle w 1411 r., a przywództwo nad wrogami Husa przeszło na samą Kurię.
W 1412 r. sprawa herezji Husa, która została milcząco zarzucona, odżyła z powodu nowego sporu o sprzedaż odpustów, które wydał następca Aleksandra, antypapież Jan XXIII, aby sfinansować swoją kampanię przeciwko Grzegorzowi XII. Ich sprzedaż w Czechach wzbudziła powszechne oburzenie, ale została zatwierdzona przez króla Wacława, który jak zwykle miał udział w zyskach. Hus publicznie potępił te odpusty przed uniwersytetem i w ten sposób stracił poparcie Wacława. Miało się to okazać dla niego zgubne. Wrogowie Husa ponowili jego proces w kurii, gdzie za odmowę stawienia się został obłożony ekskomuniką, a na Pragę i inne miejsca, w których Hus mógł przebywać, nałożono interdykt, odmawiając w ten sposób sprawowania niektórych sakramentów kościelnych osobom przebywającym na terenie objętym interdyktem. Aby oszczędzić miastu konsekwencji, Hus w październiku 1412 r. dobrowolnie opuścił Pragę. Znalazł schronienie głównie w południowych Czechach, w zamkach swoich przyjaciół, i przez następne dwa lata oddawał się gorączkowej działalności literackiej. Jego wrogowie, przede wszystkim Stanisław i Páleč, napisali przeciwko niemu wiele polemicznych traktatów, na które on odpowiadał równie energicznie. Najważniejszą z jego rozpraw była De ecclesia (O Kościele). Napisał też wiele traktatów w języku czeskim i zbiór kazań Postilla.