Gli Havasupai hanno vissuto, coltivato e cacciato in tutto il loro territorio tradizionale, che comprende i canyon e gli altipiani dentro e intorno a Havasu Canyon, per secoli prima dell’arrivo degli europei. Coltivavano nei canyon in primavera e in estate, e si spostavano nelle terre dell’altopiano per l’autunno e l’inverno. Negli anni 1870, quando i minatori europei, allevatori e coloni arrivarono nel territorio dell’Arizona in numero crescente, la pressione aumentò per confinare gli Havasupai e altre tribù in riserve piccole e delimitate. Nel 1882, il presidente Chester Arthur stabilì la riserva indiana Havasupai con un ordine esecutivo, e limitò la tribù a 518 acri in Havasu Canyon. Il resto delle loro terre ancestrali furono prese dal governo federale per uso pubblico. Secondo i rapporti, gli Havasupai erano completamente all’oscuro dell’Ordine Esecutivo per diversi anni. La riduzione delle loro terre portò ad uno sconvolgimento dello stile di vita della tribù e ad una costante tensione tra la tribù e il governo degli Stati Uniti.
Con la creazione del Parco Nazionale del Grand Canyon nel 1919 la riserva fu completamente circondata dalle terre del Parco Nazionale. Per accordo con il governo federale, la riserva e i sentieri che portavano ad essa rimasero sovrani della tribù Havasupai. La tribù ha continuamente fatto pressione sugli Stati Uniti per restituire più della loro terra ancestrale a loro, anche se senza alcun risultato. Negli anni ’50 un sovrintendente del Grand Canyon, John McLaughlin, propose di prendere in consegna la riserva, ma fu respinto dalla tribù.
Finalmente la persistenza della tribù cominciò a dare i suoi frutti. Nel 1968 la tribù vinse una causa contro il governo presso la Indian Claim Commission. La sentenza affermava che le terre erano state sottratte illegalmente alla tribù nel 1882, e che la tribù aveva il diritto di recuperare le terre pagando al governo il giusto valore di mercato per la proprietà. Con un tasso di 55 centesimi all’acro, il valore delle terre fu fissato a poco più di un milione di dollari. Tuttavia, la tribù continuò a lottare per ottenere la restituzione delle terre, senza doverle pagare. La tribù trovò l’appoggio dell’amministrazione Nixon e cominciò a fare pressione per il passaggio della legge S. 1296 del Congresso, che avrebbe restituito le terre alla tribù. Infine, nel 1975, il Congresso degli Stati Uniti ha approvato il Grand Canyon National Park Enlargement Act, che è stato firmato in legge dal presidente Gerald Ford il 4 gennaio 1975. Tra le altre cose, l’atto restituì 188.077 acri (76.112 ettari) di altopiano e terre del canyon agli Havasupai, che è ciò che forma la riserva oggi.
La tribù parla ancora Yuman, una delle circa 200 lingue indigene ancora parlate in Nord America.