Ile Sudest, l’isola più grande, fu colonizzata per la prima volta nell’ultima metà del 18° secolo, quando gli altri atolli delle Chagos furono colonizzati dai francesi.
Il comandante Robert Moresby fece un rilevamento di questo atollo e lo cartografò nel 1838. A quel tempo c’era una piantagione di cocco su questo atollo. Era stata costruita una strada rialzata che collegava le isole e furono fatte alcune bonifiche. Alla fine alcune delle isole si fusero tra loro.
Le isole Egmont non erano più abitate nella seconda metà del 20° secolo, nel momento in cui i Chagossiani o Ilois furono sfrattati dalle Chagos.
Nel 1972-73 ci fu una spedizione subacquea alle isole Egmont da parte dei Servizi congiunti (JSEI). Guidata dal Sqn Leader “Dickie” Bird RAF, fu la prima spedizione di questo tipo nelle Chagos. Il Comandante Alan Baldwin RN era il vice leader e il lavoro scientifico è stato svolto sotto la direzione del dottor David Bellamy. Il suo scopo era quello di studiare la formazione e la crescita della barriera corallina, così come la flora e la fauna delle isole. I membri della spedizione furono portati da Gan, nell’atollo di Addu, dalla RFA Gold Ranger all’atollo di Egmont e dopo aver completato la loro indagine furono riportati a Gan dalla RFA Stromness. In seguito al suo successo, una seconda spedizione fu intrapresa a Danger Island l’anno successivo.