フスと西方分裂
1378年以来、ローマ・カトリック教会は、2人の教皇に管轄権が分かれる西方分裂によって分裂していた。 改革のリーダーであるフスは、対立するローマ教皇を退位させて教会を改革するために招集されたピサ公会議（1409年）に、大司教ズビニェクが反対した際、臆することなく喧嘩をした。 ピサ公会議は、プラハ大学のチェコ人修士たちの支持を得ていたが、ドイツ人修士たちは反対していた。 これに激怒したヴェンセスラス王は、1409年1月にチェコ人に3票、ドイツ人に1票の投票権を与えることで大学の憲法を改正したが、その結果、ドイツ人はプラハからドイツのいくつかの大学に大量に移住した。
ズビニェック大司教とフスとの間に最後の決着がついたのは、ピサ公会議で、ボヘミアで権威を認められていた教皇グレゴリー12世と反教皇ベネディクト13世が退位し、代わりにアレクサンダー5世が選出されたときである。 ボヘミアの大司教や高位聖職者はグレゴリウスを信奉していたが、フスや改革派は新教皇を認めた。 大司教は、国王の懲罰によってアレクサンダー5世を正統なローマ教皇と認めざるを得なくなった後、多額の賄賂を使ってアレクサンダーに、ベツレヘム礼拝堂を含む個人の礼拝堂での説教を禁止するように仕向けた。 フスは教皇の命令に従うことを拒否し、ズビニェックは彼を破門した。 破門されても、フスはベツレヘム礼拝堂で説教を続け、プラハ大学で教えていた。
1412年、アレキサンダーの後継者である反教皇ヨハネ23世がグレゴリウス12世に対抗するための資金調達として発行した免罪符の販売をめぐる新たな論争により、暗黙のうちに立ち消えになっていたフスの異端事件が復活した。 この免罪符はボヘミア地方で販売され、一般の人々の怒りを買ったが、ヴェンセスラス王はこれを承認し、いつものように収益を分配していた。 フスは大学でこれらの免罪符を公に非難し、それによってヴェンセスラスの支持を失ってしまった。 このことは、フスにとって致命的であった。 その後、敵はフスの裁判を教皇庁で再開し、出廷を拒否したために大破門となり、プラハをはじめとするフスの居住地には禁教令が下され、禁教区内の信者には教会の秘跡が与えられなくなった。 1412年10月、フスはこの事態を避けるため、自発的にプラハを離れた。 主に南ボヘミアの友人たちの城に避難し、その後2年間、熱のこもった文学活動を行った。 彼の敵、特にスタニスラフとパレッチは、彼に対して多くの極論を書いたが、彼も同様に精力的にそれに答えた。 彼の論文の中で最も重要なものは『教会』である。 また、チェコ語で書かれた多くの論文や、『Postilla』という説教集も書いています。