Mary Eliza Mahoneyは、1845年にマサチューセッツ州ドーチェスターで生まれた。 両親はノースカロライナ州出身の解放奴隷で、南北戦争前に人種差別のない生活を求めて北上してきました。 マホーニーは2人兄弟の長男で、1人は幼い頃に亡くなっている。 マホーニーは幼い頃から敬虔なバプティストで、ロックスベリーのピープルズ・バプティスト教会によく通っていた。 マホーニーは10歳のときに、ボストンで最初の統合学校の1つであるフィリップス・スクールに入学し、1年生から4年生まで在籍した。 フィリップス校では、英語、歴史、算数などの一般教科のほかに、道徳心や人間性の大切さを教えることで知られていた。
マホーニーは早くから看護師になりたいと思っていた。これは、南北戦争で看護師がすぐに出現したことが影響していると思われる。 19世紀の黒人女性は、看護師としての訓練を受け、免許を取得するのに苦労しました。 南部の看護学校では、アフリカ系アメリカ人女性の願書を拒否していたが、北部では、機会はまだ厳しく制限されていたものの、アフリカ系アメリカ人が訓練プログラムや大学院に入学できる可能性が高かったのである。 ニューイングランド・ホスピタル・フォー・ウィメン・アンド・チルドレンが創設されると同時に、彼女は18歳にして看護に興味を示し始めた。 NEHWCは、男性が中心だった医療業界に女性が参入するためのプログラムを提供した最初の機関となりました。 彼女は1878年、33歳のときに他の39人の学生とともにNew England Hospital for Women and Children（現在のDimock Community Health Center）の16ヶ月間のプログラムに入学しました。 彼女の妹、エレン・マホーニーも同じ看護プログラムに参加することを決めたが、卒業証書を受け取ることはできなかった。 病院が看護プログラムに参加する学生を選ぶ際の基準は、40人の応募者が「21歳から31歳までの健康で丈夫な人で、性格や気質に関して良い評判を持っている人」であることを強調していた。 40人の学生の中で学位を取得したのは、彼女と他の2人の白人女性だけだった。 マホニーは、18歳の時に病院でコック、メイド、洗濯婦として働いた経験があり、病院とのつながりがあったため、年齢基準を満たしていないにもかかわらず、管理局はマホニーを受け入れたのだと推測される。
マホニーの研修では、一般的な看護の知識を得るために、少なくとも1年間、病院のさまざまな病棟で過ごすことが求められた。
マホーニーの研修では、普遍的な看護知識を身につけるために、少なくとも1年間、病院のさまざまな病棟で過ごすことが求められた。このプログラムでの仕事は集中的で、午前5時半から午後9時半までの長時間勤務で、マホーニーは病棟の医師の指導を受けながら、講義やレッスンに参加しなければならなかった。 この12時間の講義は、家族の看護、生理学、病人の食事、外科看護、小児ベッドの看護、消毒薬、一般看護などで構成されていた。 講義以外にも、学生はバイタルサインの取り方や包帯の巻き方など、ベッドサイドでの重要な手順をたくさん教わった。 さらに、Mahoneyは数ヶ月間、個人的に看護師として働いた。 看護プログラムでは、最初の2週間の勤務で、1ドルから4ドルの週給を得ることができた。 多くの看護師は、経済的に苦しい状況にあったため、給料の25％を病院への財政支援として還元していたので、週給を重要視していませんでした。 プログラムの4分の3は、外科系、産科系、内科系の病棟で、6人の患者を担当するというものだった。 これらの条件をクリアしたマホーニーは、1879年に他の3人の同僚とともに正看護師として卒業したが、これはアメリカで初めての黒人女性であった。