Il cast e la troupe del film sono visti viaggiare in autobus verso il deserto israeliano, per rimettere in scena la Passione di Cristo. Assemblano i loro oggetti di scena e si mettono in costume. Uno del gruppo, Ted Neeley, è circondato dagli altri. Indossa una veste bianca ed emerge come Gesù (“Overture”).
La storia inizia con Giuda, che è preoccupato per la popolarità di Gesù; Egli viene acclamato come il Figlio di Dio, ma Giuda sente che ha troppa fede nel suo stesso messaggio. Giuda teme le conseguenze del loro crescente movimento (“Heaven on Their Minds”). Gli altri discepoli chiedono invano a Gesù informazioni sui suoi piani futuri (“What’s the Buzz?”). Giuda arriva e successivamente dichiara che Gesù non dovrebbe associarsi con persone come Maria Maddalena (storicamente accusata di essere una prostituta); questo smorza l’atmosfera (“Strange Thing Mystifying”). Arrabbiato, Gesù dice a Giuda che dovrebbe lasciare in pace Maria, perché la sua lista non è pulita. Gesù accusa poi tutti gli apostoli di non curarsi di lui. Quella notte al Tempio, Caifa è preoccupato che il popolo incoroni Gesù come re, cosa che i Romani prenderanno per una rivolta. Anna cerca di placare le sue paure, ma alla fine capisce il punto di vista di Caifa. Annas suggerisce di convocare il consiglio e di spiegare loro i timori di Caifa. Caifa è d’accordo (“Allora siamo decisi”). Mentre Gesù e gli apostoli si sistemano per la notte, Maria lo lenisce con un unguento costoso. Giuda dice che tale denaro dovrebbe essere dato ai poveri, piuttosto che sperperato in questo modo. Gesù lo rimprovera di nuovo… spiegando che i poveri ci saranno sempre, ma Lui stesso no (“Everything’s Alright”).
Il giorno dopo al Tempio di Gerusalemme, il consiglio dei sacerdoti discute le loro paure su Gesù. Caifa dice loro che c’è solo una soluzione: come Giovanni Battista, Gesù deve essere giustiziato per il bene della nazione (“Questo Gesù deve morire”). Mentre Gesù e i suoi seguaci arrivano con gioia a Gerusalemme, Caifa gli ordina di sciogliere la folla per paura di una rivolta. Gesù risponde che un tale gesto sarebbe inutile, e procede invece a salutare le masse (“Osanna”). Più tardi, Simone lo Zelota e un’orda di compagni zeloti esprimono la loro ammirazione per Gesù (“Simon Zealotes”). Anche se inizialmente Gesù apprezza questo, diventa preoccupato quando Simone suggerisce di dirigere la folla verso una rivolta contro i loro occupanti romani. Gesù respinge tristemente questo suggerimento, dicendo che non capiscono il suo vero scopo (“Povera Gerusalemme”).
Ponteo Pilato, il governatore romano della Giudea, rivela di aver sognato un uomo galileo (Gesù) e che sarà incolpato della morte di quest’uomo (“Il sogno di Pilato”). Gesù e i suoi seguaci arrivano al tempio, che è stato occupato da cambiavalute e prostitute (“Il Tempio”). I sacerdoti infuriati guardano dallo sfondo mentre, con orrore di Giuda, un Gesù furioso distrugge le bancarelle e costringe i venditori ad andarsene (“My Temple Should Be…”). Vagando da solo fuori dalla città, Gesù è circondato da lebbrosi che cercano il suo aiuto. Gesù ne guarisce quanti più possibile, ma è sopraffatto dal loro numero; alla fine si arrende, gridando loro di lasciarlo in pace. Quella notte, Maria conforta Gesù mentre si addormenta (“Everything’s Alright”). Maria ama Gesù, ma è confusa perché Lui è così diverso da qualsiasi altro uomo che ha incontrato (“I Don’t Know How to Love Him”). Giuda va dai sacerdoti ed esprime le sue preoccupazioni, insieme alle sue preoccupazioni sulle conseguenze del tradimento di Gesù (“Damned for All Time”). Approfittando dei dubbi di Giuda, i sacerdoti gli offrono del denaro per condurli da Gesù. Giuda inizialmente rifiuta, ma Caifa e Anna lo convincono facendogli notare che potrebbe usare il denaro per aiutare i poveri. Giuda rivela che Gesù sarà al giardino del Getsemani giovedì sera (“Blood Money”).
All’ultima cena (ambientata in un giardino esterno durante il giorno), Gesù rivela che sa che Pietro lo rinnegherà… e che Giuda lo tradirà. Ne segue un’aspra discussione tra Gesù e Giuda, quando Giuda rimprovera a Gesù di aver (presumibilmente) distrutto le speranze e gli ideali che Lui stesso ha dato loro. Giuda minaccia di rovinare l’ambizione di Gesù, rimanendo lì senza aiutarlo a raggiungere la Gloria. Gesù gli dice di andarsene – sottolineando che “Ti stanno aspettando! — cosa che finalmente fa (“L’ultima cena”). Mentre gli apostoli si addormentano, Gesù si addentra nel Getsemani per pregare sulla sua morte imminente; a malincuore, accetta di andare avanti con il piano di Dio (“Getsemani/Voglio solo dire”). Gesù aspetta Giuda, che effettivamente arriva… accompagnato dalle guardie. Egli tradisce Gesù con un bacio. I discepoli si offrono di combattere le guardie, ma si ritirano su richiesta di Gesù. Gesù viene portato a casa di Caifa, riconosciuto colpevole di blasfemia e mandato a Pilato (“L’arresto”). Pietro, nel frattempo, è accusato di essere uno dei seguaci di Gesù; paurosamente, nega Gesù tre volte (“La negazione di Pietro”). Gesù viene portato nella residenza di Pilato; il governatore si prende gioco di lui, ignorando che Gesù è l’uomo del suo sogno. Poiché non tratta con gli ebrei, Pilato manda Gesù al re Erode (“Pilato e Cristo”). Il fiammeggiante Erode è entusiasta di incontrare finalmente Gesù, perché questa è un’occasione per confermare le voci che girano. Erode spinge Gesù a fare vari miracoli; quando non lo fa, Erode lo liquida come un falso innocuo. Fa in modo che le guardie riportino Gesù a Pilato (“King Herod’s Song/Try It And See”).
Mary e gli apostoli ricordano come sono iniziate le cose, e vorrebbero che la loro situazione non fosse sfuggita di mano (“Could We Start Again Please?”). Gesù viene gettato in una cella; lì viene visto da Giuda, che ora si pente della sua parte nell’arresto. Giuda getta i suoi soldi a terra e maledice i sacerdoti, prima di correre nel deserto. Sopraffatto dal dolore e dal rimpianto per aver tradito Gesù, Giuda incolpa Dio per le sue disgrazie, dandogli il ruolo del traditore. Mentre Giuda si impicca (“La morte di Giuda”), Gesù viene riportato da Pilato che procede a interrogarlo; anche Erode è presente ma non si preoccupa di testimoniare, visto il suo disprezzo per Gesù. Caifa testimonia per conto di Erode. Anche se pensa che Gesù sia un illuso, Pilato si rende conto che non ha commesso alcun crimine reale. Fa flagellare Gesù; Erode è contento all’inizio, ma poi si ribella e alla fine è terrorizzato. L’indifferenza di Pilato si trasforma in una frenesia di confusione e rabbia… soprattutto per l’irrazionale sete di sangue della folla, ma anche per l’inspiegabile rassegnazione e il rifiuto di Gesù di difendersi. Pilato si rende conto che non ha altra scelta che far giustiziare Gesù, o le masse diventeranno violente (“Processo davanti a Pilato; le trentanove frustate”). Un Pilato infuriato decreta la condanna a morte come richiesto dai sacerdoti. Pilato poi fa un grande spettacolo per lavarsi le mani del destino di Gesù. L’aspetto di Gesù si trasforma, i cieli si aprono e un Giuda in tuta bianca scende su una croce d’argento. Giuda si lamenta che Gesù sarebbe dovuto tornare come Messia oggi, negli anni ’70; sarebbe stato più popolare e il suo messaggio più facile da diffondere. Giuda si chiede anche cosa pensa Gesù dei profeti delle altre religioni… e, infine, se Gesù pensa di essere chi dicono che sia, forse intendendo il Figlio di Dio (“Superstar”). Le domande di Giuda rimangono senza risposta. Gesù viene mandato a morire (“The Crucifixion”) tra una musica minacciosa e atonale; dice alcune delle sue ultime parole prima di morire.
Quando il film finisce, gli interpreti (ora senza costume) salgono sul loro autobus. Solo Barry Dennen, Yvonne Elliman e Carl Anderson – che avevano interpretato (rispettivamente) Pilato, Maria Maddalena e Giuda – notano che il collega Ted Neeley, che aveva interpretato Gesù, sembra mancare. Anderson si aggrappa all’entrata posteriore dell’autobus proprio mentre questo si mette in moto e se ne va. In un’inquadratura finale simile a quella di Ben Hur, un pastore e il suo gregge attraversano la collina sotto la croce ormai vuota (“John Nineteen Forty-One”).