Hus e o Sisma Ocidental
Desde 1378 a Igreja Católica Romana tinha sido dividida pelo Sisma Ocidental, durante o qual a jurisdição papal foi dividida entre dois papas. Como líder da reforma, Hus discutiu sem hesitação com o Arcebispo Zbyněk quando este último se opôs ao Concílio de Pisa (1409), que foi chamado a destronar os papas rivais e a reformar a igreja. O conselho teve o apoio dos mestres checos da Universidade de Praga, enquanto que os mestres alemães se lhe opuseram. Os mestres alemães, que detinham a maioria de votos em assuntos universitários, apoiaram o arcebispo, o que enfureceu tanto o rei Venceslau que em Janeiro de 1409 subverteu a constituição da universidade ao conceder aos mestres checos três votos cada e aos alemães apenas um; o resultado foi uma emigração em massa dos alemães de Praga para várias universidades alemãs. No Outono de 1409 Hus foi eleito reitor da universidade agora dominada pelos checos.
A última ruptura entre o Arcebispo Zbyněk e Hus ocorreu quando o Conselho de Pisa depôs o Papa Gregório XII, cuja autoridade foi reconhecida na Boémia, e o antípope Bento XIII e no seu lugar elegeu Alexandre V. Os papas depostos, contudo, mantiveram a jurisdição sobre partes da Europa Ocidental; assim, em vez de dois, havia três papas. O arcebispo e o clero superior da Boémia permaneceram fiéis a Gregório, enquanto Hus e o partido da reforma reconheceram o novo papa. Depois de ser forçado pelas medidas punitivas do rei a reconhecer Alexandre V como o papa legítimo, o arcebispo, através de um grande suborno, induziu Alexandre a proibir a pregação em capelas privadas, incluindo a Capela de Belém. Hus recusou-se a obedecer à ordem do papa, pelo que Zbyněk o excomungou. Apesar da sua condenação, Hus continuou a pregar na Capela de Belém e a ensinar na Universidade de Praga. Zbyněk acabou por ser forçado pelo rei a prometer a Hus o seu apoio perante a Cúria Romana, mas ele morreu subitamente em 1411, e a liderança dos inimigos de Hus passou para a própria Cúria.
Em 1412 o caso da heresia de Hus, que tinha sido tacitamente abandonada, foi reavivado devido a uma nova disputa sobre a venda de indulgências que tinha sido emitida pelo sucessor de Alexandre, o antipopular João XXIII, para financiar a sua campanha contra Gregório XII. A sua venda na Boémia suscitou a indignação geral mas tinha sido aprovada pelo Rei Wenceslas, que, como de costume, partilhou as receitas. Hus denunciou publicamente estas indulgências perante a universidade e, ao fazê-lo, perdeu o apoio de Venceslau. Isto era para lhe provar ser fatal. Os inimigos de Hus renovaram então o seu julgamento na Cúria, onde foi declarado sob grande excomunhão por se recusar a comparecer e foi pronunciado um interdito sobre Praga ou qualquer outro lugar onde Hus pudesse residir, negando assim certos sacramentos da igreja aos comunicantes na área interditada. A fim de poupar a cidade das consequências, Hus deixou Praga voluntariamente em Outubro de 1412. Ele encontrou refúgio principalmente no sul da Boémia, nos castelos dos seus amigos, e durante os dois anos seguintes dedicou-se a uma actividade literária febril. Os seus inimigos, particularmente Stanislav e Páleč, escreveram um grande número de tratados polémicos contra ele, os quais ele respondeu de forma igualmente vigorosa. O mais importante dos seus tratados foi De ecclesia (A Igreja). Escreveu também um grande número de tratados em checo e uma colecção de sermões intitulada Postilla.