Mission San Juan Capistrano fu fondata in modo permanente da Junipero Serra il 1° novembre 1776, come settima delle 21 missioni che furono stabilite in California dagli spagnoli. Originariamente era stata iniziata alla fine dell’ottobre 1775, ma dovette essere abbandonata dopo solo una settimana. Un gruppo di guerrieri Kumeyaay distrusse la missione di San Diego all’inizio di novembre, e i soldati furono richiamati a San Diego per rinforzare la guarnigione. I sacerdoti dovettero andare a San Diego con i soldati.
Missione San Juan Capistrano fu fondata per espandere i confini territoriali della Spagna e per diffondere il cristianesimo alle popolazioni native della California. Le missioni e i presidios (forti) dovevano essere le principali istituzioni per la diffusione del dominio spagnolo. Le missioni dovevano essere agenti di assimilazione, convincendo i nativi a diventare cattolici e insegnando loro i fondamenti della vita agricola e paesana spagnola. L’obiettivo era quello di trasformarli in sudditi spagnoli autosufficienti e membri dell’ordine coloniale. I presidi dovevano proteggere le missioni dagli indigeni ostili e anche proteggere il territorio da potenziali incursioni della Russia o di altre potenze europee.
La fondazione della missione San Juan Capistrano nel 1776 significò molti cambiamenti e sfide per gli indigeni Acjachemen (Ah-HAWSH-eh-men). Gli spagnoli portarono con sé nuovi tipi di tecnologia, abbigliamento, cibo, animali e idee. I missionari incoraggiarono gli Acjachemen a conoscere la fede cattolica e ad essere battezzati per unirsi alla Missione. Tuttavia, unirsi ufficialmente alla Missione significava che gli Acjachemen dovevano cambiare quasi tutto della loro vita. Dovevano cambiare la loro cultura, la lingua, la religione, il lavoro, l’abbigliamento, il cibo e anche il loro programma giornaliero.
La decisione di unirsi alle missioni non era sempre facile. Lo storico delle missioni della California, Steven Hackel, spiega che con l’arrivo degli spagnoli “arrivarono cavalli, muli, buoi e pecore, che si moltiplicarono e prosperarono”. Essi devastarono anche le piante e gli animali indigeni, plasmando gran parte dell’ormai iconico paesaggio californiano di colline brulle di tutto tranne che di querce ed erbe secche. Gli indigeni dello stato furono costretti a trovare nuove fonti di cibo, e molti di loro non ebbero altra scelta che lasciare i loro villaggi per le missioni”
Inoltre, vivere nelle missioni significava anche esporsi ai germi. Con il loro arrivo, gli spagnoli esposero involontariamente i nativi americani a malattie come la polmonite, la tubercolosi, il morbillo e la sifilide. Senza le moderne conoscenze mediche, ci fu poco successo nel prevenire la diffusione delle malattie. L’alloggio ravvicinato, la scarsa igiene e la mancanza di immunità naturale alle comuni malattie europee si rivelarono fatali per la popolazione indigena.
Si stima che circa 65.000 nativi americani vivessero nella zona costiera della California (zona della catena delle missioni) nel 1770 e nel 1830 solo 17.000 rimanevano in vita, un declino del 74%.
Dopo il 1812, le missioni iniziarono a declinare. Molti fattori furono coinvolti nel declino delle missioni, incluso il terremoto nel dicembre del 1812 che causò il crollo della Chiesa di Pietra Grande, il declino del tasso di natalità, il crescente tasso di mortalità della popolazione nativa a causa delle malattie, l’incapacità del governo spagnolo di proteggere adeguatamente e rifornire le missioni dei beni necessari.
Entro il 1821, il Messico vinse la sua indipendenza dalla Spagna, che rese l’Alta California un territorio del Messico. Sotto la nuova direzione del governo, la Missione affrontò un continuo declino.
Nel 1845, il governatore Pio Pico vendette la Missione stessa. La missione fu venduta all’asta a John Forster, cognato del governatore Pico. Per i successivi 20 anni, la Missione fu un ranch privato di proprietà della famiglia Forster.
La California divenne uno stato nel 1850. Il vescovo cattolico della California, Joseph Alemany, fece una petizione al governo degli Stati Uniti per far restituire gli edifici e le terre della missione alla Chiesa Cattolica. Nel 1865, il presidente Abraham Lincoln restituì la missione alla Chiesa Cattolica.
A partire dagli anni 1870 e per tutto l’inizio del 1900, artisti, fotografi e visionari si interessarono alle missioni. Molti leader della comunità si unirono alla campagna per il restauro. Il Landmarks Club, guidato da Charles Lummis e il padre residente Padre St. John O’Sullivan furono i più grandi sostenitori della conservazione della Missione di San Juan Capistrano, inaugurando una nuova era per il landmark.
Oggi la Missione è un’esperienza di destinazione culturale, un luogo di ispirazione, educazione e conservazione e serve come un luogo vibrante di apprendimento continuo e di culto.