Hus und das Westliche Schisma
Seit 1378 war die römisch-katholische Kirche durch das Westliche Schisma gespalten, bei dem die päpstliche Jurisdiktion zwischen zwei Päpsten aufgeteilt wurde. Als Anführer der Reformen stritt Hus ohne Zögern mit Erzbischof Zbyněk, als dieser sich dem Konzil von Pisa (1409) widersetzte, das einberufen wurde, um die rivalisierenden Päpste zu entthronen und die Kirche zu reformieren. Das Konzil wurde von den tschechischen Meistern an der Prager Universität unterstützt, während die deutschen Meister dagegen waren. Die deutschen Meister, die in Universitätsangelegenheiten die Stimmenmehrheit hatten, unterstützten den Erzbischof, was König Wenzel so erzürnte, dass er im Januar 1409 die Universitätsverfassung untergrub, indem er den tschechischen Meistern je drei Stimmen und den Deutschen nur eine gewährte; die Folge war eine Massenauswanderung der Deutschen aus Prag an mehrere deutsche Universitäten. Im Herbst 1409 wurde Hus zum Rektor der nun tschechisch dominierten Universität gewählt.
Zum endgültigen Bruch zwischen Erzbischof Zbyněk und Hus kam es, als das Konzil von Pisa sowohl den in Böhmen anerkannten Papst Gregor XII. als auch den Gegenpapst Benedikt XIII. absetzte und an ihre Stelle Alexander V. wählte. Die abgesetzten Päpste behielten jedoch die Jurisdiktion über Teile Westeuropas; statt zwei gab es also drei Päpste. Der Erzbischof und der höhere Klerus in Böhmen blieben Gregor treu, während Hus und die Reformpartei den neuen Papst anerkannten. Nachdem er durch die Strafmaßnahmen des Königs gezwungen worden war, Alexander V. als rechtmäßigen Papst anzuerkennen, veranlasste der Erzbischof Alexander durch ein hohes Bestechungsgeld, das Predigen in privaten Kapellen, darunter auch in der Bethlehemkapelle, zu verbieten. Hus weigerte sich, dem Befehl des Papstes Folge zu leisten, woraufhin Zbyněk ihn exkommunizierte. Trotz seiner Verurteilung predigte Hus weiterhin in der Bethlehemskapelle und lehrte an der Prager Universität. Zbyněk wurde schließlich vom König gezwungen, Hus seine Unterstützung vor der römischen Kurie zuzusichern, aber er starb dann plötzlich 1411, und die Führung der Feinde von Hus ging auf die Kurie selbst über.
Im Jahr 1412 wurde der Fall der Ketzerei von Hus, der stillschweigend fallengelassen worden war, wegen eines neuen Streits über den Verkauf von Ablässen wiederbelebt, die von Alexanders Nachfolger, dem Gegenpapst Johannes XXIII. ausgegeben worden waren, um seinen Feldzug gegen Gregor XII. zu finanzieren. Ihr Verkauf in Böhmen erregte allgemeine Empörung, war aber von König Wenzel gebilligt worden, der, wie üblich, am Erlös beteiligt war. Hus prangerte diese Ablässe öffentlich vor der Universität an und verlor dadurch die Unterstützung von Wenzel. Dies sollte sich für ihn als verhängnisvoll erweisen. Hus‘ Feinde verfolgten ihn daraufhin erneut vor der Kurie, wo er wegen seiner Weigerung, zu erscheinen, für hochgradig exkommuniziert erklärt und ein Interdikt über Prag oder jeden anderen Ort, an dem Hus sich aufhielt, verhängt wurde, wodurch den Kommunikanten im Sperrgebiet bestimmte Sakramente der Kirche verweigert wurden. Um der Stadt die Konsequenzen zu ersparen, verließ Hus im Oktober 1412 freiwillig Prag. Er fand vor allem in Südböhmen in den Schlössern seiner Freunde Zuflucht und übte in den nächsten zwei Jahren eine fieberhafte literarische Tätigkeit aus. Seine Feinde, vor allem Stanislav und Páleč, schrieben eine große Anzahl von polemischen Abhandlungen gegen ihn, die er ebenso energisch beantwortete. Die wichtigste seiner Abhandlungen war De ecclesia (Die Kirche). Er schrieb auch eine große Anzahl von Abhandlungen in tschechischer Sprache und eine Sammlung von Predigten mit dem Titel Postilla.