Hus y el Cisma de Occidente
Desde 1378 la Iglesia católica romana estaba dividida por el Cisma de Occidente, durante el cual la jurisdicción papal se repartió entre dos papas. Como líder de la reforma, Hus se enfrentó sin dudarlo al arzobispo Zbyněk cuando éste se opuso al Concilio de Pisa (1409), convocado para destronar a los papas rivales y reformar la Iglesia. El concilio contó con el apoyo de los maestros checos de la Universidad de Praga, mientras que los maestros alemanes se opusieron. Los maestros alemanes, que tenían mayoría de votos en los asuntos universitarios, apoyaron al arzobispo, lo que enfureció tanto al rey Wenceslao que en enero de 1409 subvirtió la constitución universitaria concediendo a los maestros checos tres votos cada uno y a los alemanes sólo uno; el resultado fue una emigración masiva de los alemanes de Praga a varias universidades alemanas. En el otoño de 1409 Hus fue elegido rector de la universidad, ahora dominada por los checos.
La ruptura definitiva entre el arzobispo Zbyněk y Hus se produjo cuando el Concilio de Pisa depuso tanto al papa Gregorio XII, cuya autoridad era reconocida en Bohemia, como al antipapa Benedicto XIII y en su lugar eligió a Alejandro V. Los papas depuestos, sin embargo, conservaron la jurisdicción sobre partes de Europa occidental; así, en lugar de dos, había tres papas. El arzobispo y el alto clero de Bohemia permanecieron fieles a Gregorio, mientras que Hus y el partido reformista reconocieron al nuevo papa. Tras verse obligado por las medidas punitivas del rey a reconocer a Alejandro V como papa legítimo, el arzobispo, mediante un gran soborno, indujo a Alejandro a prohibir la predicación en las capillas privadas, incluida la de Belén. Hus se negó a obedecer la orden del papa, por lo que Zbyněk lo excomulgó. A pesar de su condena, Hus siguió predicando en la capilla de Belén y enseñando en la Universidad de Praga. Zbyněk fue finalmente obligado por el rey a prometer a Hus su apoyo ante la Curia Romana, pero luego murió repentinamente en 1411, y el liderazgo de los enemigos de Hus pasó a la propia Curia.
En 1412 el caso de la herejía de Hus, que había sido abandonado tácitamente, se reavivó debido a una nueva disputa sobre la venta de indulgencias que había sido emitida por el sucesor de Alejandro, el antipapa Juan XXIII, para financiar su campaña contra Gregorio XII. Su venta en Bohemia despertó la indignación general, pero había sido aprobada por el rey Wenceslao, que, como de costumbre, compartía los beneficios. Hus denunció públicamente estas indulgencias ante la universidad y, al hacerlo, perdió el apoyo de Wenceslao. Esto resultó fatal para él. Los enemigos de Hus volvieron a juzgarlo en la Curia, donde fue declarado bajo excomunión mayor por negarse a comparecer y se pronunció un interdicto sobre Praga o cualquier otro lugar donde Hus pudiera residir, negando así ciertos sacramentos de la iglesia a los comulgantes de la zona interdicta. Para evitar las consecuencias en la ciudad, Hus abandonó voluntariamente Praga en octubre de 1412. Se refugió sobre todo en el sur de Bohemia, en los castillos de sus amigos, y durante los dos años siguientes se dedicó a una febril actividad literaria. Sus enemigos, especialmente Stanislav y Páleč, escribieron un gran número de tratados polémicos contra él, a los que respondió de forma igualmente enérgica. El más importante de sus tratados fue De ecclesia (La Iglesia). También escribió un gran número de tratados en checo y una colección de sermones titulada Postilla.