Mirage ComicsEdit
In de stripverhalen wordt Donatello afgebeeld als de rustigere schildpad. Hoewel het team in de strip geen officiële commandostructuur heeft, wordt hij in de eerste verhalen afgebeeld als tweede-in-bevel, voordat Raphael die positie inneemt. In de eerste aflevering is hij degene die de Shredder doodt door hem met zijn granaat van het dak te slaan. De tweede aflevering ging dieper in op de persoonlijkheden van de schildpadden en opende met Donatello die een circuit soldeerde. Later in het nummer verklaart Donatello dat hij “bekend is met enkele computersystemen” en helpt April O’Neil de Mousers te deactiveren. Tijdens de ballingschap van de schildpadden in Northampton, raakt Donatello geobsedeerd door het repareren van de vele kapotte dingen in de boerderij waar ze woonden. Hij besteedt dagen en nachten aan het repareren van de boiler om zijn familie warm stromend water te geven en bouwt een windmolen en een waterrad om elektriciteit te leveren. Hij vindt ook een oude typemachine en schrijft zijn eigen persoonlijke credo.
In de Donatello one shot ontmoet Donatello een kunstenaar genaamd Kirby (een hommage aan de striptekenaar Jack Kirby) wiens mysterieuze kristal zijn tekeningen tot leven brengt voordat het verdwijnt. De twee nieuwe vrienden reizen naar een dimensie die bewoond wordt door Kirby’s creaties en helpen de helden de binnenvallende monsters te verslaan.
In de Shades of Grey verhaallijn komt Casey Jones de schildpad tegen bij een ravijn terwijl hij aan het nadenken was over “de fractale structuur van natuurlijke patronen”. Casey beschuldigt de schildpad ervan grote woorden te gebruiken en zich beter voor te doen dan alle anderen. Donatello stelt voor dat ze het gesprek voortzetten als Casey nuchter is. Een boze Jones grijpt een stok en blijft de schildpad porren tot hij zijn geduld verliest en Casey het water in stuurt.
In het verhaal City at War keren de schildpadden terug naar New York om een einde te maken aan de burgeroorlog van de Foot Clan. Tijdens een gevecht met de Elite Guards van Shredder in de ruïnes van de Second Time Around Shop, valt Donatello door de vloer en breekt zijn been. Als Donatello ziet dat hun bondgenoot Karai is overmeesterd en gedood dreigt te worden, grijpt hij een van de machinegeweren van de Foot en schiet herhaaldelijk op de Foot Elite. Donatello is zichtbaar geschokt door het geweld en gooit het geweer weg. Aan het einde van het verhaal gaan de schildpadden, April en Casey terug naar New York, behalve Donatello die ervoor kiest om in Northampton te blijven bij Meester Splinter om te genezen van zijn verwonding en om na te denken over alles wat er gebeurd is. Na een ontmoeting met de schildpaddenvriend Nobody in burger keert hij met hem terug naar New York om zijn broers te helpen in de strijd tegen Baxter Stockman.
In de huidige strips vindt Donatello een gepantserde vrachtwagen in de riolen die blijkbaar deel heeft uitgemaakt van een bankoverval in de jaren zestig. Samen met Raphael en Casey Jones, onderneemt hij de taak om het voertuig op te knappen. Donatello besluit de Utroms te vergezellen op een missie naar Tepui om twee vermiste onderzoeksteams te zoeken. De groep wordt aangevallen door vreemde houten wezens die hen verkleinen tot miniatuurformaat. De wezens blijken een groep Utroms te zijn die tijdens hun eerste verblijf op aarde in de Jungle waren gestrand en in het geheim hadden geleefd dankzij hun Quantum Inversion Redimensioning-apparaat dat hun grootte kon veranderen. Het proces kon bij Donatello niet worden teruggedraaid, mogelijk vanwege zijn mutatie, waardoor hij de grootte van een actiefiguur had. Terwijl de Utroms werken om hem weer normaal te maken, gebruikt Donatello zijn nieuwe formaat om te infiltreren in een pakhuis van een terroristische organisatie. Hij heeft ook een robot lichaam gemaakt dat op een schildpad lijkt om hem te helpen zich te verplaatsen.
Deze incarnatie van Donatello verscheen in de Turtles Forever crossover special, ingesproken door Christopher C. Adams.
Image ComicsEdit
In de Image Comics-incarnatie van de TMNT werd hij een cyborg nadat zijn lichaam gedeeltelijk was vernietigd nadat hij was neergeschoten en uit een helikopter was gevallen (hij bleef desondanks positief, hoewel hij voortdurend het risico liep zijn verstand te verliezen aan de cyborg-helft). Hij werd vermoedelijk gedood door het Image personage Deathwatch door zijn hersenen te laten ontdoen van mutagenen. Leonardo gaf de cpu van Don’s harnas de schuld voor zijn dood; Donatello was echter niet dood, maar werd gescheiden van zijn lichaam, en met de hulp van zijn broers keerde hij terug naar zijn lichaam. In de onafhankelijk gepubliceerde serie van de Image Comics, Issue #24, begon Don’s pantser slecht te werken en was zo krachtig dat Donatello op zijn laatste benen liep totdat hij een deal sloot met Baxter Stockman met wie Don niet graag samenwerkte maar geen keus had. Donatello is ontdaan van het meeste metaal in zijn lichaam in nummer 25 en Baxter informeert hem dat zijn schild weer is aangegroeid en dat hij daardoor weer een niet-cyborg schildpad is. Baxter stierf nogmaals toen Don’s metalen deeltjes niet wilden helpen zijn lichaam te herstellen; als gevolg hiervan verzocht Baxter Donatello April O’Neil de groeten te doen en hij stierf maniakaal lachend. Donatello ging vervolgens de strijd aan met Lady Shredder en de voet clan met zijn broers en Pimiko. Donatello was toen aan het eind van het nummer volledig ontdaan van alle metalen deeltjes en had zijn en Baxter’s beproeving geheim gehouden.
In de officiële IDW-gepubliceerde conclusie, TMNT Urban Legends, nadat Dr. X een EMP had geactiveerd, verliet het levende pantser Donatello voor een nieuwe gastheer, waar werd ontdekt dat het pantser Donatello’s natuurlijke genezingscapaciteiten had belemmerd.
Archie ComicsEdit
Donatello’s verschijning in de Archie publicaties waren grotendeels gebaseerd op de 1987 Fred Wolf incarnatie, maar met Mirage schrijvers aan boord bij Teenage Mutant Ninja Turtles Adventures, zoals Steve Murphy en Ryan Brown, werden er veel verwijzingen naar zijn Mirage tegenhanger gemaakt. Donatello werd getoond als puur van hart en ziel, in staat om ongeschonden door de onderwereld te gaan. Hij werd ook gekozen door een groep Aliens, bekend als de Zonen van de Stilte, om hun wijsheid te delen met de Turtles. Hij was een van de weinigen die telepathisch met hen kon communiceren. Donatello was bijna een pacifist en verafschuwde elke keer dat hij geweld gebruikte.
IDW PublishingEdit
In een schokkende wending werd Donatello bijna gedood aan het einde van issue #44 toen Leonardo, Raphael en Michelangelo op een missie waren om Krang te stoppen de Aarde te transformeren met behulp van een buitenaards apparaat genaamd het “Technodrome”. Donatello werd achtergelaten op de thuisbasis, en terwijl de anderen weg waren, werd hij aangevallen door Bebop en Rocksteady. Na een kort gevecht sloeg Rocksteady Donatello’s omhulsel kapot, waardoor hij bijna stierf.
Het nieuws van zijn vermeende dood verspreidde zich over het hele interview en IGN hield een interview met scriptschrijver Tom Waltz, waarin hij de eindscène een prachtig weergegeven scène noemde, waarin de emotie van de familie werd gevangen. Hij beweerde ook dat er geen aardse manier was, dat Donatello het kon overleven en hij zei dat het niet het einde was. Gelukkig overleefde Donatello de aanval.
In Issue #45 was Donatello niet dood, omdat zijn geest zich in een ander vlak bevond en hij zich ternauwernood aan het leven vastklampte. Leonardo, Michelangelo en Raphael droegen Donatello’s lichaam in de vriezer om het bloeden te vertragen en zijn overlevingskans te vergroten. Fugitoid zegt dat hij naar Burrow Island moet om de spullen te halen om Donatello te redden. Splinter vindt Donatello’s geest en begeleidt zijn zoon terug naar de aarde, maar doordat Donatello een helm draagt om zijn bewustzijn in leven te houden, zit zijn geest in Metalhead, terwijl zijn eigen lichaam wordt hersteld naar hoe het was voor zijn bijna-dood.
In Issue #46, in Harold’s lab, maakt Donatello-als-Metalhead zijn lichaam klaar om te worden verplaatst naar het hol. Hij doet zijn best om een dapper gezicht op te zetten (bij wijze van spreken), maar gevangen zitten in een robotlichaam is een schokkende ervaring geweest. De Fugitoid probeert Donnie te helpen zich aan te passen aan het feit dat zijn geest in een robotlichaam zit, terwijl Harold zorgt voor de reparaties van Metalhead (de robot is vernield door Bebop en Rocksteady). Raphael stormt weg met Alopex achter hem aan. Raphael begint er spijt van te krijgen dat hij Donatello achterliet en hem te zien in een robot lichaam is te veel voor Raphael om te verwerken, maar zodra Alopex en Leonardo hem wat troost geven accepteert hij uiteindelijk Donatello als Metalhead en hij, Leo en Mikey gaan op patrouille terwijl Donatello en de Fugitoid Donnie’s schildpad lichaam overbrengen naar het hol van de schildpadden terwijl Harold wat apparatuur haalt om Donatello te helpen weer in zijn eigen lichaam te komen.
In issue #47, zei hij tegen Fugitoid en Harold dat hij verbonden is met de vitale functies van zijn lichaam. Wat aangeeft dat hij zijn lichaam nog steeds kan voelen en langzaam weer normaal wordt. In nummer 50 vernietigde Metalhead zichzelf en keerde Donatello terug naar zijn organische lichaam dat nu is uitgerust met een kunstmatig omhulsel. Sindsdien vecht hij samen met zijn broers.