Conflict
De gevechten begonnen op 12 januari 1904 in het stadje Okahandja, de zetel van het Herero opperhoofdschap onder paramount leider Samuel Maharero. Het is nog steeds onduidelijk wie de eerste schoten loste, maar tegen de middag van die dag hadden Herero-strijders het Duitse fort belegerd. In de weken daarna breidden de gevechten zich uit over de centrale hoogvlakten. In een poging de situatie onder controle te krijgen, vaardigde Maharero specifieke gevechtsregels uit die geweld tegen vrouwen en kinderen verboden. Desondanks werden bij deze aanvallen 123 kolonisten en soldaten gedood, onder wie tenminste vier vrouwen.
Maj. Theodor Leutwein, militair commandant en gouverneur van de kolonie, had de leiding over de Duitse reactie. Omdat de Herero goed bewapend waren en bovendien het Duitse koloniale garnizoen aanzienlijk in aantal overtroffen, was hij voorstander van een oplossing van het conflict via onderhandelingen. Hij werd echter overstemd door de Generale Staf in Berlijn, die een militaire oplossing eiste. Op 13 april werden de troepen van Leutwein tot een gênante terugtocht gedwongen en werd de gouverneur van zijn militaire commando ontheven. In zijn plaats benoemde de Duitse keizer, Willem II, luitenant-generaal Lothar von Trotha tot de nieuwe opperbevelhebber. Hij was een koloniale veteraan van de oorlogen in Duits Oost-Afrika en van de Bokseropstand in China.
Von Trotha arriveerde op 11 juni 1904. Op dat moment waren er al twee maanden geen grote gevechten meer geweest. De Herero waren naar het afgelegen Waterberg-plateau aan de rand van de Kalahari (woestijn) gevlucht om afstand te nemen van de Duitse troepen en aanvoerlijnen, in een poging nieuwe gevechten te vermijden en veilig een mogelijke vredesonderhandeling af te wachten of, indien nodig, goed gepositioneerd te zijn om naar Brits Bechuanaland (nu Botswana) te ontsnappen. Von Trotha gebruikte deze rust om de Herero geleidelijk te omsingelen. Het verplaatsen van zijn troepen naar het Waterberg plateau was een grote onderneming, gezien het feit dat de Duitse kaarten van dit gebied onvolledig waren en omdat er water over het ruige terrein moest worden vervoerd, samen met de zware artillerie die van vitaal belang zou zijn voor een succesvolle aanval. De strategie van de generaal was om “deze massa’s met een gelijktijdige slag te vernietigen.”
In de vroege ochtend van 11 augustus 1904 gaf von Trotha zijn 1500 troepen het bevel aan te vallen. Tegen de naar schatting 40.000 Herero, van wie er slechts 5.000 wapens droegen, vertrouwden de Duitsers op het verrassingselement en op hun moderne bewapening. De strategie werkte. Voortdurende beschietingen door de artillerie dreven de Herero-strijders tot een wanhoopsoffensief, opgewacht door de Duitse machinegeweren. Tegen het eind van de middag waren de Herero verslagen. Door een zwakke Duitse flank in het zuidoosten kon de meerderheid van het Herero volk echter wanhopig vluchten naar de Kalahari. In deze exodus naar Brits Bechuanaland stierven vele duizenden mannen, vrouwen en kinderen uiteindelijk van de dorst.
In de daaropvolgende maanden bleef von Trotha de Herero achtervolgen tot in de woestijn. Degenen die zich overgaven of door de Duitsers gevangen werden genomen, werden vaak standrechtelijk geëxecuteerd. Begin oktober werd von Trotha echter gedwongen de achtervolging te staken, door uitputting en gebrek aan voorraden.