Ile Sudest, het grootste eiland, werd voor het eerst bewoond in de laatste helft van de 18e eeuw, in de tijd dat de andere atollen van de Chagos door de Fransen werden bewoond.
Commandant Robert Moresby maakte een overzicht van dit atol en bracht het in kaart in 1838. In die tijd was er een kokosnootplantage op dit atol. Er was een verbindingsweg aangelegd tussen de eilanden en er werd land gewonnen. Uiteindelijk zijn sommige eilanden met elkaar vergroeid.
De Egmont Eilanden werden niet meer bewoond in de tweede helft van de 20e eeuw, op het moment dat de Chagossianen of Ilois van de Chagos werden verdreven.
In 1972-73 was er een onderwaterexpeditie naar de Egmont Eilanden door de Joint Services (JSEI). Onder leiding van Sqn Leader “Dickie” Bird RAF, was het de eerste expeditie in zijn soort in de Chagos. Cdr Alan Baldwin RN was de plaatsvervangend leider en het wetenschappelijke werk werd uitgevoerd onder leiding van Dr David Bellamy. Het doel was de vorming en groei van koraalriffen te bestuderen, evenals de flora en fauna van de eilanden. De expeditieleden werden met de RFA Gold Ranger van Gan, Addu Atoll naar Egmont Atoll gebracht en na afloop van hun onderzoek werden ze met de RFA Stromness teruggebracht naar Gan. Na het succes van de expeditie werd het jaar daarop een tweede expeditie ondernomen naar Danger Island.