Mission San Juan Capistrano is in de 240 jaar van haar geschiedenis een thuis geweest voor vele mensen. Haar geschiedenis bestaat uit herinneringen en verhalen van haar vroegere inwoners en huidige bezoekers. Het is een plaats van historische, culturele en religieuze betekenis, maar ook een plaats van inspiratie en onderwijs.
Missie San Juan Capistrano werd op 1 november 1776 definitief gesticht door Junipero Serra, als zevende van 21 missies die door de Spanjaarden in Californië werden gesticht. De missie was oorspronkelijk eind oktober 1775 begonnen, maar moest al na een week worden verlaten. Een oorlogsgroep van de Kumeyaay verwoestte begin november Missie San Diego, en de soldaten werden naar San Diego teruggeroepen om het garnizoen aldaar te versterken. De priesters moesten met de soldaten mee naar San Diego.
Missie San Juan Capistrano werd opgericht om de territoriale grenzen van Spanje uit te breiden en om het christendom te verspreiden onder de inheemse bevolking van Californië. Missies en presidios (forten) werden ontworpen als de belangrijkste instellingen voor de verspreiding van de Spaanse overheersing. De missies moesten assimilatie bewerkstelligen door de inheemse bevolking ervan te overtuigen katholiek te worden en hen de grondbeginselen van het Spaanse landbouw- en dorpsleven bij te brengen. Het doel was om hen om te vormen tot zelfvoorzienende Spaanse onderdanen en leden van de koloniale orde. Presidios moesten de missies beschermen tegen vijandige inboorlingen en ook om het gebied te beschermen tegen mogelijke invallen van Rusland of andere Europese mogendheden.
De vestiging van de San Juan Capistrano missie in 1776 betekende veel veranderingen en uitdagingen voor de inheemse Acjachemen (Ah-HAWSH-eh-men). De Spanjaarden brachten nieuwe soorten technologie, kleding, voedsel, dieren en ideeën met zich mee. De missionarissen moedigden de Acjachemen aan om het katholieke geloof te leren kennen en zich te laten dopen om zich bij de Missie aan te sluiten. Maar officieel toetreden tot de Missie betekende dat de Acjachemen bijna alles in hun leven moesten veranderen. Ze moesten hun cultuur, taal, religie, werk, kleding, voedsel en zelfs hun dagindeling veranderen.
De beslissing om zich bij de missies aan te sluiten was niet altijd gemakkelijk. Steven Hackel, historicus van de missie in Californië, legt uit dat met de komst van de Spanjaarden “paarden, muilezels, ossen en schapen kwamen, die zich vermenigvuldigden en welig tierden. Ze verwoestten ook de inheemse planten en dieren en vormden een groot deel van het nu iconische Californische landschap van hellingen kaal van alles behalve eiken en droge grassen. De inheemse bevolking van de staat werd gedwongen om nieuwe voedselbronnen te vinden, en velen van hen hadden weinig keus dan hun dorpen te verlaten voor de missies.”
Verder betekende het leven in de missies ook blootstelling aan ziektekiemen. Met hun komst stelden de Spanjaarden de Indianen onbedoeld bloot aan ziekten als longontsteking, tuberculose, mazelen en syfilis. Zonder moderne medische kennis, was er weinig succes in het voorkomen van de verspreiding van ziekten. De nauwe leefomstandigheden, de slechte sanitaire voorzieningen en het gebrek aan natuurlijke immuniteit voor veel voorkomende Europese ziekten werden de inheemse bevolking fataal.
Geschat wordt dat er in 1770 ongeveer 65.000 Indianen in het kustgebied van Californië leefden (de ketenzone van de missies) en in 1830 waren er nog maar 17.000 in leven, een afname van 74%.
Na 1812 begon de missie in verval te raken. Veel factoren speelden een rol in het verval van de missie, waaronder de aardbeving in december 1812 die de Grote Stenen Kerk deed instorten, de daling van het geboortecijfer, het stijgende sterftecijfer van de inheemse bevolking als gevolg van ziekten, en het onvermogen van de Spaanse regering om de missies adequaat te beschermen en van de benodigde goederen te voorzien.
In 1821 werd Mexico onafhankelijk van Spanje, waardoor Alta California een Mexicaans grondgebied werd. Onder de nieuwe leiding van de regering raakte de Missie verder in verval.
In 1845 verkocht gouverneur Pio Pico de Missie zelf. De missie werd bij opbod verkocht aan John Forster, de zwager van gouverneur Pico. De volgende 20 jaar was de Missie een privé ranch van de familie Forster.
Californië werd een staat in 1850. De katholieke bisschop van Californië, Joseph Alemany, diende een verzoekschrift in bij de Amerikaanse regering om de gebouwen en landerijen van de missie terug te geven aan de katholieke kerk. In 1865 gaf President Abraham Lincoln de Missie terug aan de Katholieke Kerk
Beginnend in de jaren 1870 en gedurende het begin van de 20e eeuw, kregen kunstenaars, fotografen en visionairs belangstelling voor de missies. Veel leiders van de gemeenschap sloten zich aan bij de campagne voor restauratie. De Landmarks Club, geleid door Charles Lummis en de inwonende pater pater St. John O’Sullivan waren de grootste voorstanders van het behoud van Mission San Juan Capistrano en luidden een nieuw tijdperk in voor de bezienswaardigheid.
Heden ten dage is de Mission een culturele bestemming, een plaats van inspiratie, educatie en behoud en dient als een levendige plaats van voortdurende educatie en aanbidding.