De Havasupai leefden, bewerkten en jaagden al eeuwen voor de komst van de Europeanen op hun traditionele grondgebied, dat bestaat uit de ravijnen en hoogvlakten in en rond Havasu Canyon. In de lente en de zomer verbouwden zij zich in de canyons, in de herfst en de winter trokken zij naar de hoogvlakten. In de jaren 1870, toen Europese mijnwerkers, veeboeren en kolonisten in steeds grotere aantallen op het grondgebied van Arizona arriveerden, nam de druk toe om de Havasupai en andere stammen in kleine en afgebakende reservaten op te sluiten. In 1882 stelde President Chester Arthur het Havasupai Indianen Reservaat in bij Executive Order en beperkte de stam tot 518 acres in Havasu Canyon. De rest van hun voorouderlijk land werd door de federale regering in beslag genomen voor openbaar gebruik. Naar verluidt waren de Havasupai zich jarenlang totaal niet bewust van het decreet. De inperking van hun land leidde tot een verstoring van de levenswijze van de stam en tot voortdurende spanningen tussen de stam en de Amerikaanse regering.
Met de oprichting van het Grand Canyon National Park in 1919 werd het reservaat volledig omringd door Nationaal Park land. Door een overeenkomst met de federale regering bleven het reservaat en de paden die ernaartoe leidden soeverein voor de Havasupai-stam. De stam heeft voortdurend bij de Verenigde Staten gelobbyd om meer van hun voorouderlijk land aan hen terug te geven, maar tevergeefs. In de jaren 1950 stelde een opzichter van de Grand Canyon, John McLaughlin, voor om het reservaat over te nemen, maar hij werd afgewezen door de stam.
Eindelijk begon de volharding van de stam vruchten af te werpen. In 1968 won de stam een zaak tegen de regering bij de Indian Claim Commission. De uitspraak luidde dat het land in 1882 illegaal van de stam was afgenomen en dat de stam het recht had om het land terug te krijgen door de regering een eerlijke marktwaarde te betalen voor het eigendom. Met een prijs van 55 cent per acre werd de waarde van het land vastgesteld op iets meer dan een miljoen dollar. De stam vocht echter nog steeds voor de teruggave van het land, zonder ervoor te hoeven betalen. De stam vond steun bij de Nixon regering en begon te lobbyen voor de goedkeuring van het wetsvoorstel S. 1296, dat de gronden aan de stam zou teruggeven. Uiteindelijk nam het Amerikaanse Congres in 1975 de Grand Canyon National Park Enlargement Act aan, die op 4 januari 1975 door President Gerald Ford werd ondertekend. In deze wet werd onder meer 76.112 hectare plateau- en canyonland teruggegeven aan de Havasupai, het huidige reservaat.
De stam spreekt nog steeds Yuman, een van de ongeveer 200 inheemse talen die nog worden gesproken in Noord-Amerika.