Er is veel discussie over de definities van homoplasie en homologie, en over hoe die te herkennen bij karaktertoestanden die in een fylogenetische analyse worden gebruikt. Velen pleiten voor wat ik een “procesmatige benadering” noem, waarbij informatie over genetica, ontwikkeling, functie, of andere criteria a priori helpen bij het identificeren van twee karaktertoestanden als homoloog of homoplastisch. Ik argumenteer dat de processen die door deze criteria vertegenwoordigd worden voor de meeste organismen en de meeste eigenschappen onvoldoende gekend zijn om betrouwbaar gebruikt te kunnen worden om homoplasieën en homologieën te identificeren. In plaats daarvan zou fylogenie, hoewel niet onfeilbaar, de ultieme test voor homologie moeten zijn. Karakterstaten worden a priori verondersteld homoloog te zijn omdat dit falsifieerbaar is en omdat hun initiële opname in de karakter-statusanalyse gebaseerd is op de veronderstelling dat zij fylogenetisch informatief kunnen zijn. Als zij als symplesiomorphies of synapomorphies in een fylogenetische analyse uitvallen, blijft hun status als homologies ongefalsifieerd. Als ze als homoplasieën uitvallen, omdat ze onafhankelijk in meer dan één clade zijn geëvolueerd, wordt hun status als homoloog gefalsifieerd en wordt een homoplasie geïdentificeerd. De karakter-status transformatiereeks, functionele morfologie, fijnere niveaus van morfologische vergelijking, en de distributie en correlatie van karakters helpen allemaal om de aanwezigheid van homoplasieën in een bepaalde fylogenie te verklaren. Het verklaren van deze homoplasieën, en ze niet negeren als “ruis”, zou evenzeer een doel van fylogenetische analyse moeten zijn als het produceren van een fylogenie. Voorbeelden uit het fossielenbestand van Miocene hominoïden worden gegeven om de voordelen te illustreren van een proces-informeert-patroonherkenning-na-de-feit benadering om de evolutie van karaktertoestanden te begrijpen.