Subspecialismen van de kinderchirurgie zelf zijn: neonatale chirurgie en foetale chirurgie.
Andere gebieden van chirurgie hebben ook hun eigen pediatrische specialiteiten die verdere opleiding vereisen tijdens de residencies en in een fellowship: kindercardiothoracale chirurgie (chirurgie aan het hart en/of de longen van het kind, inclusief hart- en/of longtransplantatie), kindernefrologische chirurgie (chirurgie aan de nieren en urineleiders van het kind, inclusief nier- of niertransplantatie), kinderneurochirurgie (chirurgie aan de hersenen, het centrale zenuwstelsel, het ruggenmerg en de perifere zenuwen van het kind), kinderurorologische chirurgie (chirurgie aan de urineblaas van het kind en andere structuren onder de nier die nodig zijn voor de zaadlozing), kindernoodchirurgie, chirurgie van foetussen of embryo’s (overlapping met obstetrische/gynaecologische chirurgie, neonatologie en maternale-foetale geneeskunde), chirurgie van adolescenten of jonge volwassenen, pediatrische hepatologische chirurgie (leverchirurgie) en gastro-intestinale chirurgie (maag- en darmchirurgie) (inclusief lever- en darmtransplantatie bij kinderen) orthopedische kinderchirurgie (spier- en botchirurgie bij kinderen), plastische en reconstructieve kinderchirurgie (bijvoorbeeld bij brandwonden of aangeboren afwijkingen zoals een gespleten gehemelte waarbij de belangrijkste organen niet betrokken zijn) en oncologische kinderchirurgie (kanker bij kinderen).