De godsdienstvrijheid in Egypte wordt in verschillende mate belemmerd door discriminerend en restrictief overheidsbeleid. Koptische christenen, de grootste religieuze minderheid in Egypte, worden ook in negatieve zin getroffen. Kopten werden na de staatsgreep van 1952 onder leiding van Gamal Abdel Nasser geconfronteerd met toenemende marginalisering. Tot voor kort moesten christenen zelfs voor kleine reparaties in kerken toestemming vragen aan de president. Hoewel de wet in 2005 werd versoepeld door de goedkeuringsbevoegdheid over te dragen aan de gouverneurs, worden kopten nog steeds geconfronteerd met veel obstakels en beperkingen bij het bouwen van nieuwe kerken. Deze beperkingen gelden niet voor de bouw van moskeeën.
De Koptische gemeenschap is het doelwit geweest van haatmisdrijven door islamitische extremisten. De belangrijkste waren de aanslagen in El Kosheh in 2000-01, waarbij moslims en christenen betrokken raakten bij bloedige interreligieuze botsingen na een geschil tussen een moslim en een christen. “Twintig christenen en een moslim werden gedood nadat geweld was uitgebroken in de stad el-Kosheh, 440 kilometer (270 mi) ten zuiden van Caïro”. International Christian Concern meldde dat moslims in februari 2001 een nieuwe Egyptische kerk en de huizen van 35 christenen in brand staken, en dat in april 2001 een 14-jarig Egyptisch christelijk meisje werd ontvoerd omdat haar ouders een persoon zouden herbergen die zich van de islam tot het christendom had bekeerd.
In 2006 pleegde een persoon een aanslag op drie kerken in Alexandrië, waarbij een persoon om het leven kwam en 5-16 gewond raakten. De aanvaller had geen banden met een organisatie en werd door het ministerie van Binnenlandse Zaken omschreven als “psychisch gestoord”. In mei 2010 berichtte The Wall Street Journal over toenemende golven van groepsaanvallen door moslims tegen etnische kopten. Ondanks verwoede oproepen om hulp, kwam de politie meestal pas aan nadat het geweld al voorbij was. De politie dwong de kopten ook om “verzoening” met hun aanvallers te accepteren om te voorkomen dat ze vervolgd zouden worden, terwijl geen enkele moslim voor een van de aanvallen werd veroordeeld. In Marsa Matrouh probeerde een groep bedoeïenen van 3.000 moslims de koptische bevolking van de stad aan te vallen, waarbij 400 kopten zich in hun kerk moesten barricaderen terwijl de menigte 18 huizen, 23 winkels en 16 auto’s vernielde.
Journalist John R. Bradley schreef rond 2008 dat
” … andere al lang bestaande klachten van de Koptische bevolking zijn de ondervertegenwoordiging van christenen bij de politie, de rechterlijke macht, de strijdkrachten, de ambtenarij, de regering en in het onderwijssysteem. Er is ook een virtueel verbod op toegang tot de door de staat gecontroleerde radio en televisie. Een vaak genoemd voorbeeld van discriminatie door de overheid is een wet die tot voor kort persoonlijke presidentiële toestemming vereiste om zelfs eenvoudige kerkreparaties uit te voeren, zoals het repareren van een toilet, en die de schuld kreeg van vertragingen van meer dan tien jaar bij het afgeven van vergunningen om kerken te bouwen. Mubarak versoepelde de wet in 2005 en delegeerde de verantwoordelijkheid aan lokale gouverneurs.”
Afgevaardigden van het Amerikaanse Congres hebben hun bezorgdheid geuit over de “mensenhandel” in Koptische vrouwen en meisjes die het slachtoffer zijn van ontvoeringen, gedwongen bekering tot de islam, seksuele uitbuiting en gedwongen huwelijken met moslimmannen.
Boutros Boutros-Ghali was een Kopt die onder president Anwar Sadat minister van Buitenlandse Zaken van Egypte was. Tijdens het bewind van Mubarak zaten er twee kopten in het Egyptische kabinet: minister van Financiën Youssef Boutros Ghali en minister van Milieu Magued George. Er was ook één koptische gouverneur op 25, die van het hogere Egyptische gouvernement Qena, en de eerste koptische gouverneur in enkele decennia. Bovendien is Naguib Sawiris, een uiterst succesvol zakenman, een Kopt die in die periode in Egypte woonde. In 2002, onder de regering van Mubarak, werd Koptisch Kerstmis (7 januari) erkend als een officiële feestdag. Veel Kopten klagen er echter nog steeds over dat zij minimaal vertegenwoordigd zijn in de rechtshandhaving, de staatsveiligheid en openbare ambten, en dat zij op de arbeidsmarkt worden gediscrimineerd op grond van hun godsdienst. De meeste kopten zijn geen voorstander van onafhankelijkheid of een afscheidingsbeweging van andere Egyptenaren.
De kopten zijn niet vertegenwoordigd en gemarginaliseerd in de Egyptische politiek, bureaucratie en samenleving. Minorities at Risk meldt dat er in het land geen christelijke gouverneurs, universiteitspresidenten of decanen zijn. Officiële en onofficiële discriminatie van kopten komt voor in vormen als achterstelling in het onderwijs en het rechtssysteem, geweld van islamitische militanten, en beperkingen op religieuze activiteiten en meningsuiting.
Weliswaar wordt vrijheid van godsdienst gegarandeerd door de Egyptische grondwet, maar volgens Human Rights Watch “kunnen Egyptenaren zich over het algemeen zonder problemen bekeren tot de islam, maar moslims die zich bekeren tot het christendom ondervinden problemen bij het verkrijgen van nieuwe identiteitspapieren en sommigen zijn gearresteerd omdat ze dergelijke documenten zouden hebben vervalst.” De Koptische gemeenschap doet echter haar best om bekeringen van het christendom tot de islam te voorkomen vanwege het gemak waarmee christenen vaak moslim kunnen worden. Overheidsambtenaren, die zelf conservatief zijn, maken de juridische procedures die nodig zijn om de verandering van godsdienst te erkennen zoals de wet vereist, steeds ingewikkelder. Veiligheidsdiensten beweren soms dat dergelijke bekeringen van de islam naar het christendom (of soms omgekeerd) sociale onrust kunnen veroorzaken, en rechtvaardigen daarmee de onterechte aanhouding van de betrokkenen, waarbij zij volhouden dat zij alleen maar maatregelen nemen om te voorkomen dat er sociale onlusten ontstaan. In 2007 heeft een administratieve rechtbank van Caïro 45 burgers het recht ontzegd om identiteitspapieren te verkrijgen waaruit blijkt dat zij zijn overgegaan naar het christendom nadat zij zich tot de islam hadden bekeerd. In februari 2008 heeft de hoogste administratieve rechtbank dit besluit echter ongedaan gemaakt en 12 burgers die waren teruggekeerd tot het christendom toegestaan hun religie opnieuw op identiteitskaarten te vermelden, maar zij zullen specificeren dat zij voor een korte periode de islam waren toegetreden.
De Egyptische volkstelling van 1897 meldde dat het percentage niet-moslims in de stedelijke provincies 14,7% bedroeg (13,2% christenen, 1,4% joden). De Egyptische volkstelling van 1986 meldde dat het percentage niet-moslims in de stedelijke provincies 6,1% bedroeg (5,7% christenen, 0% joden). De daling van de Joodse vertegenwoordiging wordt verklaard door de oprichting van de staat Israël, en de daaropvolgende emigratie van de Egyptische Joden. Er is geen verklaring voor een daling met 55% van het percentage christenen in Egypte. Er is gesuggereerd dat Egyptische volkstellingen die na 1952 zijn gehouden, zijn gepolitiseerd om de christelijke bevolking te ondervertegenwoordigen.
In augustus 2013, na de staatsgreep van 3 juli 2013 en botsingen tussen het leger en aanhangers van Morsi, waren er wijdverspreide aanvallen op Koptische kerken en instellingen in Egypte door aanhangers van Morsi. Volgens ten minste één Egyptische geleerde (Samuel Tadros) zijn de aanvallen het ergste geweld tegen de Koptische Kerk sinds de 14e eeuw.
USA Today meldde dat “veertig kerken zijn geplunderd en in brand gestoken, terwijl 23 andere zijn aangevallen en zwaar beschadigd”. De Facebook-pagina van de Partij voor Vrijheid en Rechtvaardigheid van de Moslimbroederschap stond volgens journaliste Kirsten Powers “vol met valse beschuldigingen die bedoeld waren om haat te zaaien tegen kopten”. De pagina van de partij beweerde dat de Koptische Kerk “de oorlog tegen de Islam en de Moslims” had verklaard en dat “De Paus van de Kerk betrokken is bij de afzetting van de eerste verkozen Islamistische president. De paus van de kerk beweert dat de islamitische sharia achterlijk, koppig en reactionair is.” Op 15 augustus gaven negen Egyptische mensenrechtengroeperingen onder de overkoepelende groep “Egyptian Initiative for Personal Rights”, een verklaring uit,
In december … begonnen Broederschapsleiders met het aanwakkeren van anti-christelijke sektarische opruiing. De anti-Koptische ophitsing en bedreigingen gingen onverminderd door tot aan de demonstraties van 30 juni en veranderden met het afzetten van president Morsi in sektarisch geweld, dat werd bekrachtigd door … de voortdurende anti-Koptische retoriek van de leiders van de groep op het podium … gedurende de gehele sit-in.