Geschiedenis van Missie San Juan Bautista: 1797 tot 1827
In 1797 leidde pater Junipero Serra een rooms-katholieke pelgrimstocht om het christendom naar de wildernis in Californië te brengen. Als locatie kozen hij en de Franciscanen een plaats aan de voet van de Gavilan Mountains nabij de El Camino Real, die zij San Juan Bautista Mission noemden naar de heilige Johannes de Doper. De plaats werd gekozen omdat het een “overvloedige oogst van zielen” beloofde in de San Juan Vallei. In het late voorjaar kwamen de Spaanse korporaal Juan Ballesteros en vijf mannen, en binnen een maand bouwden ze een kapel, huizen voor henzelf en de padres, en een graanschuur.
Toen, slechts dertien dagen nadat hij de San Jose-missie had ingewijd, arriveerde pater Lasuen voor de formele inwijding van de San Juan Bautista-missie op zaterdag 24 juni 1797.
De eerste jaren van de San Juan Bautista Missie
De eerste doop in San Juan Bautista was een indiaans kind van ongeveer tien jaar oud, met korporaal Ballesteros als sponsor. De eerste blanke doop was de zoon van de korporaal en de eerste begrafenis, in september, was voor zijn babyzoon.
De vaders Jose Manuel de Martiarena en Pedro Martinez, die toezicht hielden op de bouw, vonden de inheemse bevolking vriendelijk en coöperatief en de San Juan Bautista Missie groeide snel. De eerste zes maanden waren druk en tegen Kerstmis hadden ze een adobe kerk, een klooster, graanschuur, barakken, wachthuizen en adobe huizen voor de neofieten gebouwd. Tegen 1800 woonden er meer dan 500 Indianen in de San Juan Bautista Missie.
1800 Aardbeving bij San Juan Bautista Missie
Toen de San Juan Bautista Missie werd gesticht, wist niemand dat deze op de top van de San Andreasbreuk lag. Maar al snel kwam men meer te weten over de breuk en de periodieke bevingen. In oktober 1798 was het beven zo hevig dat de missionarissen de hele maand buiten sliepen. Er waren wel zes bevingen op één dag, die enorme scheuren in gebouwen en de grond veroorzaakten.
De breuk veroorzaakte verschillende schadelijke aardbevingen tijdens de vroege geschiedenis, maar de San Juan Bautista missie is nooit verplaatst. De eerste aardbeving van betekenis vond plaats in oktober 1800 en richtte aanzienlijke schade aan, waarbij een deel van het oorspronkelijke gebouw instortte.
San Juan Bautista Missie 1800-1820
De Indiaanse bevolking bleef toenemen, en in 1803 waren er plannen om nog een kerk te bouwen. Mensen uit de hele provincie werden uitgenodigd voor een uitgebreide ceremonie die het startsein gaf voor de bouw. De nieuwe missiekerk van San Juan Bautista werd pas in 1812 voltooid.
In 1808 arriveerde een nieuwe pater, pater Arroyo de la Cuesta. Pater Cuesta was energiek en enthousiast, en hij overtuigde de bouwers ervan dat een brede kerk met drie beuken hier een ongewone aanwinst zou zijn. Door de invloed van pater Cuesta werd het de grootste kerk in de provincie en het enige bouwwerk in zijn soort dat ooit door de franciscanen in Californië werd gebouwd.
Terwijl de kerk groeide, liep de congregatie waarvoor ze was gepland terug. In 1805 telde de inheemse bevolking 1100 zielen, maar in 1812 was dat aantal door sterfte en desertie tot minder dan de helft gereduceerd. De grote nieuwe ruimte deed de kleine congregaties in de schaduw staan, en pater de la Cuesta muurde de twee rijen bogen in die de drie schepen van de kerk scheidden.
In 1812 trok pater Tapis zich terug uit het ambt van Presidente en voegde zich bij pater de la Cuesta. Het onderwijs werd voortgezet onder pater Tapis van 1812 tot 1825.
San Juan Bautista Missie 1820 – jaren 1830
In 1824 groeide de bevolking van de San Juan Bautista Missie opnieuw, met mensen die vanuit de Tulare Vallei kwamen, mogelijk vanwege de agressieve militaire expedities naar de binnenlanden. De bevolking bereikte een hoogtepunt in 1823, met 641 mannelijke en 607 vrouwelijke inwoners. Tweeëntwintig adobe woningen voor Indianen werden dat jaar gebouwd, en er werd melding gemaakt van adobe stallen, een graanschuur, een oven en weefkamers die werden gerestaureerd met de nieuwe grote beroepsbevolking.
In 1827 werd in een rapport aan de gouverneur een overzicht gegeven van de veestapel en de rancho’s van de San Juan Bautista missie, met onder andere 6.500 stuks vee, 750 paarden, 37 muildieren en schapen. Er was geen irrigatie, maar de weiden werden bewaterd door een overloop van de Pajaro rivier. Ze kregen goed hout uit de bergen in het noordoosten. Bronnen uit de Gavilan Mountains leidden tot irrigatie van de tuinen, wijngaarden en maïsvelden.
In 1833 namen Zacatecaanse Franciscanen uit Mexico het over.