De zoektocht van de speler kan op verschillende manieren beginnen. Stadswachten kunnen afgeluisterd worden over de terugkeer van de Dawnguard, of de speler kan rechtstreeks benaderd worden door een Orcish Dawnguard-lid met de naam Durak en gevraagd worden zich bij de orde aan te sluiten om de groeiende dreiging van vampiers in Skyrim te bestrijden. Ongeacht de manier waarop het spel wordt gestart, reist de speler naar Fort Dawnguard, bereikbaar via Dayspring Canyon, in de buurt van Riften. Ze ontmoeten de Dawnguard commandant, Isran, die herhaalt de hernieuwde kracht en de dreiging van de vampieren, met vermelding van hun vernietiging van het hoofdkwartier van de Vigilants van Stendarr in de Pale, de Hall of the Vigilants, en het doden van Keeper Carcette, als reden om de Dawnguard te hervormen en de vampieren uit te roeien. De speler krijgt een kruisboog en wordt gevraagd naar een ruïne te gaan die de vampieren onderzoeken in de Pale, bekend als Dimhollow Crypt. Nadat de speler heeft afgerekend met de vampieren die de ruïne al onderzoeken, waaronder hun leider Lokil, ontdekt hij dat een vampier genaamd Serana (ingesproken door Laura Bailey) gevangen zit in een standbeeld. Zij is in het bezit van een Elder Scroll, en vertelt de speler dat haar familie in een woning woont voor de kust van Skyrim, in de buurt van Solitude, genaamd Castle Volkihar. Ze vraagt de speler haar veilig terug te brengen naar haar huis. Wanneer ze weer thuis is, biedt haar vader, de vampier Lord Harkon, leider van de machtige Clan Volkihar vampieren, de speler de kans om een vampier heer te worden uit schijnbare dankbaarheid voor de veiligheid van zijn dochter en zich bij de clan aan te sluiten, of de kans om Castle Volkihar veilig te verlaten en terug te keren naar de Dawnguard. Met deze keuze begint de hoofdverhaallijn van Dawnguard.
Volkihar padEdit
Als de speler het aanbod van Lord Harkon aanneemt, bijt de vampierheer het spelerspersonage. De speler ontwaakt in een kamer, voor een altaar van de Daedric Prins van Overheersing, Molag Bal. Harkon legt uit dat Molag Bal wordt beschouwd als de “vader der soorten”. Duizenden jaren geleden was Harkon een koning en een sterveling. Hij verpandde zijn ziel aan Molag Bal, en offerde “duizend onschuldigen” in zijn naam. De Daedra schonken Harkon en zijn familie onsterfelijkheid door hen met vampirisme te beheksen. Harkon laat de speler zien hoe hij zijn nieuwe vorm en krachten als vampierheer kan gebruiken. De speler krijgt dan de opdracht om de Bloedsteen Beker, een krachtig artefact bedoeld om Harkon’s zaak te helpen, te vullen met water uit Redwater Den, en vervolgens het bloed van een machtige vampier toe te voegen. Terwijl hij de Beker aan het halen is, wordt de speler aangevallen door twee Volkihar, Stalf en Salonia, die samenzweren om Harkon ten val te brengen in opdracht van Vingalmo en Orthjolf, Harkon’s topadviseurs. Nadat de speler hen heeft gedood, voegt hij hun bloed toe aan de Beker en keert terug naar Kasteel Volkihar.
Nadat hij de Beker heeft ontvangen, verspreidt Harkon valse geruchten in Skyrim over de vermeende ontdekking van een Elder Scroll, in een poging een Moth Priest naar het land te lokken. De Moth Priests zijn een oude orde, die in staat zijn de Elder Scrolls te bekijken en de profetie daaruit te ontcijferen. De speler reist naar Forebear’s Hideout net ten zuiden van Dragon Bridge, en vangt een Moth Priest genaamd Dexion Evicus die in de ban was van een Orcish vampier genaamd Malkus voordat hij werd gedood door de Dawnguard onder leiding van hun commandant Vanik. De speler verandert de Priester in een trooster, en wanneer hij de Rol leest, onthult Evicus aan de Volkihar dat zij een wapen, Auriel’s Bow genaamd, en nog twee andere Elder Scrolls moeten vinden. Eén van de rollen ligt in de Dwemer-ruïne van Blackreach, en wordt opgehaald als onderdeel van de oorspronkelijke hoofd-zoektocht, samen met de Daedric-zoektocht naar Molag Bal’s mede-Daedric prins, Hermaeus Mora. De andere is meegenomen door Serana’s vervreemde moeder, Valerica, toen zij het kasteel ontvluchtte. De speler en Serana reizen naar een vlak in Oblivion dat bekend staat als de Soul Cairn. Ze zoeken Valerica op en halen de laatste Elder Scroll. Voordat ze terugkeren naar Tamriel, waarschuwt Valerica hen om Harkon te stoppen, omdat hij van plan is Serana te doden om de profetie te vervullen. De speler verdient ook het respect van de draak Durnehviir, die als Valerica’s beschermer in de Soul Cairn had gefungeerd voordat hij in een gevecht door de speler werd verslagen, en geeft de speler de schreeuw om hem buiten de Soul Cairn voor een tijdje op te roepen.
Het spelerspersonage leert uit de Elder Scrolls dat Auriel’s Bow zich in Darkfall Cave bevindt. De speler ontmoet Gelebor, een van de laatst overgebleven Snow Elves, en een ridder-paladin van de Chantry of Auri-El. Hij leert de speler hoe hij Auriel’s Boog kan bemachtigen door een aantal opdrachten uit te voeren en Aartsketter Vyrthur te verslaan, Gelebor’s broer, die door de Falmer is gecorrumpeerd. De speler en Serana confronteren Vyrthur in het Inner Sanctum van de Chantry en ontdekken dat hij zowel een vampier als de schepper van de profetie is, en de zon wil blokkeren om Auri-El’s invloed in Tamriel te verstoren, als vergelding voor de god die hem vampirisme toestond.
Nadat ze de Boog hebben teruggevonden, confronteren de speler en Serana Lord Harkon in Kasteel Volkihar. Ze gaan de strijd aan met Harkon en doden hem, waardoor de dreiging voor Tamriel en Serana wordt beëindigd, en de leden van Harkons hof erkennen de speler als hun nieuwe meester en heerser over het kasteel.
Dawnguard-padEdit
Als de speler het aanbod van Harkon afwijst en terugkeert naar de Dawnguard, speelt het plot zich bijna identiek af, zij het bekeken vanuit het perspectief van de Dawnguard, waarbij de speler van Isran de opdracht krijgt om zijn oude teamgenoten Sorine Jurard en Gunmar te rekruteren om de aantallen van de Dawnguard te herstellen. Zodra de Dawnguard hun aantal weer hebben aangevuld en hervormd, en Florentius Baenius aan de groep hebben toegevoegd, maakt Serana zichzelf bekend bij de Dawnguard, door informatie over Harkons plan door te geven en de Dawnguard hulp te beloven, hoewel Isran nog steeds zijn bedenkingen heeft over Serana’s ware bedoelingen. Nadat hij Malkus heeft gedood en Dexion heeft bevrijd van zijn betovering, keert hij terug naar Fort Dawnguard om de Elder Scroll van Serana voor te lezen aan Isran, voordat hij vermoeid raakt en Isran hem de tijd geeft om uit te rusten en bij te komen in het fort terwijl Serana en de speler op jacht gaan naar de andere twee Elder Scrolls. Om de Soul Cairn binnen te komen, moet de speler door Serana als vampier worden bebloed of gedeeltelijk in een zielenval belanden om toegang te krijgen. Afgezien van deze details volgen de quest lines een vergelijkbaar pad als de Volkihar, maar het wijkt af tijdens de laatste verhaalmissie, wanneer de speler de Dawnguard’s laatste aanval op Harkon en zijn hof leidt om hen af te slachten en de vervulling van de profetie te voorkomen. De speler en Serana slagen erin Harkon te doden in een climactische krachtmeting, waarmee de grote vampierbedreiging in Skyrim effectief wordt geëlimineerd. Isran bedankt Serana voor haar steun, toont nieuwgevonden respect voor haar, en biedt de speler een kans om de Dawnguard te blijven helpen bij het uitroeien van vampieren die nog steeds een probleem vormen in Skyrim.