Na het veroorzaken van een mislukt exorcisme dat resulteerde in de dood van een collega-priester en een zwangere vrouw, wordt pater John Barrow (Devon Sawa) opgenomen in een katholiek psychiatrisch gesticht. Kapelaan Henry Davies (Peter MacNeill) informeert hem dat het Vaticaan zijn status als priester heeft ingetrokken. Ondertussen wordt Molly Hartley (Sarah Lind), de ochtend nadat ze haar vierentwintigste verjaardag heeft gevierd en de jongste partner in haar bedrijf is geworden, gearresteerd nadat de politie die haar huis inspecteert na een klacht over geluidsoverlast, de lijken vindt van de twee vriendinnen met wie ze de nacht ervoor een triootje heeft gedaan. Terwijl ze Molly ondervraagt, hoort ze vreemde geluiden voordat ze een diepere stem begint te krijgen en naar zichzelf verwijst als “wij”. Ze wordt naar hetzelfde gesticht gestuurd voor psychiatrische evaluatie onder leiding van Dr. Laurie Hawthorn (Gina Holden), maar haar toestand verslechtert nadat een insectachtig wezen haar lichaam binnendringt.
Hawthorn bekijkt Molly’s antecedenten en diagnosticeert Molly’s symptomen als haar onderbewustzijn dat een claim vervult die ze haar middelbare schoolbegeleider vertelde dat ze op haar achttiende verjaardag door de duivel werd opgeëist (wat de plotselinge verandering van een gemiddelde student naar academisch succesvol verklaart) en beschrijft het als een incubatie of zwangerschap gedurende zes jaar, zes maanden en zes dagen. Maar nadat er bovennatuurlijke gebeurtenissen plaatsvinden rond Molly, die met geweld aan haar bed in een isoleercel is gebonden, begint Dr. Hawthorn te geloven in demonische bezetenheid. Met beperkte opties vraagt ze Barrow het exorcisme uit te voeren in ruil voor het tekenen van zijn vrijlatingsformulieren. Hoewel hij aanvankelijk weigert, na de zelfmoord van een bewaker, bovennatuurlijke gebeurtenissen en het zelf zien van Molly, bezoekt hij Davies, die hem aanmoedigt Molly te helpen en hem zijn klederdracht en de spullen die hij nodig heeft om de uitdrijving uit te voeren, overhandigt. Op de laatste dag van de incubatie, voordat hij naar Molly’s kamer gaat, ziet Barrow een aantal in het zwart geklede mensen buiten staan. Barrow slaagt erin de duiveluitdrijving uit te voeren, door verschillende insecten die uit Molly’s mond komen in een speciale doos te vangen, die hij bewaart in een vat gevuld met wijwater. Molly herstelt in een gedeelde kamer en bedankt Barrow voor het redden van haar. Dr. Hawthorn tekent zijn ontslagpapieren, maar als Vader Barrow het gesticht uitloopt, staren patiënten en verplegers hem aan.
Barrow geeft de container terug aan Davies, die hem in zijn kelder in bewaring geeft. Barrow ziet Davies’ boek over Satanisme en hoe de letters op de kaft overeenkomen met de letters op Molly’s voorhoofd tijdens de duiveluitdrijving. Davies legt uit dat dit “Leviathan” is, het vierde boek van de Satanische Bijbel dat uitlegt dat de Antichrist geboren zal worden nadat de ergste zonde begaan, Matricide, gepleegd is op de “moeder van de duivel” of de persoon wiens lichaam gebruikt werd om de duivel uit te broeden. Barrow eist het kistje te zien, maar als hij het openmaakt, ontdekt hij dat het kistje is vervangen door een grote steen. Davies slaat Barrow, waardoor hij bewusteloos raakt. Ondertussen wordt Molly wakker en ontdekt dat de andere patiënten in haar kamer bezeten ogen hebben. Ze wordt door een verpleger meegesleurd en naar een ondergrondse kamer gebracht.
Barrow wordt wakker in een afgesloten kamer in het gesticht waar hij getuige is van een patiënt die zelfmoord pleegt in de kamer naast hem die gevuld is met andere dode patiënten. Een verpleger komt met een pistool en beveelt hem met hem mee te gaan. Dr. Hawthorn is in haar kantoor wanneer een andere ziekenbroeder haar beveelt hem te volgen, maar zonder dat hij het weet neemt ze een schaar mee. Hij neemt haar mee naar een kamer vol dode werknemers, maar voor hij haar kan doden, steekt ze hem fataal neer met haar schaar. Ze ziet hoe pater Barrow door de verpleger wordt geleid en rent weg. Barrow en de ordelijke komen aan in de ondergrondse kamer, waar Davies en de mensen in het zwart die Barrow eerder zag, deelnemen aan een ritueel om Molly te offeren om de Antichrist en Barrow, de vader van de duivel voort te brengen, aangezien hij degene was die de duivel door middel van een onheilig ritueel heeft gewonnen. Voordat hij Molly kan doden, steekt Dr. Hawthorn Davies door de buik, waardoor de doos valt en de insecten vrijkomen, wat voor een afleiding zorgt als Molly Davies neersteekt. Barrow, Dr. Hawthorn en Molly ontsnappen terwijl verschillende deelnemers gedood worden door de insecten, maar de verpleger en verschillende deelnemers achtervolgen hen met wapens. Ze vallen en de verpleger schiet hen bijna neer, maar de politie arriveert en schiet de verpleger neer en arresteert de aanwezigen. De politie gaat de ondergrondse kamer binnen, waar een paar overlevende insecten door een tunnel ontsnappen.
De politie, die Davies al een tijdje verdacht, heeft hem in de gaten gehouden. Ze vinden de lijst van mensen in zijn sekte in zijn huis, en Barrow verzekert Molly dat ze veilig is als ze in een ambulance wordt weggereden. Intussen vliegt een van de insecten in een rijdende schoolbus, waar het een verstoten meisje achterin de bus benadert. Het kruipt in de richting van haar oor als het scherm op zwart gaat.