Streptococcus pneumoniae. Deze bacterie, die vaak “pneumokokken” wordt genoemd, is normaal aanwezig in de neus en keelholte van veel mensen zonder enige infectie te veroorzaken. Het zijn dus de gezonde dragers in de bevolking die de bacterie overdragen op ouderen, kinderen of andere vatbare personen, bij wie dan ernstige ziekte kan optreden. In Zwitserland veroorzaken pneumokokken jaarlijks ongeveer duizend ernstige infecties (in de bloedbaan of als meningitis), alsmede enkele duizenden gevallen van longontsteking. Deze bacteriën zijn ook verantwoordelijk voor veel zelfoplosbare infecties, waaronder bronchitis en oorontstekingen.
Staphylococcus aureus komt als onderdeel van de huidflora bij ongeveer een derde van de menselijke bevolking voor, zonder ziekte te veroorzaken. Afhankelijk van de stam en het immuunsysteem van de besmette persoon, kan S. aureus de huid, botten en weke delen in het lichaam besmetten, inclusief de bloedbaan. In ziekenhuizen is het de meest voorkomende oorzaak van postoperatieve infecties. In de veehouderij kan hij diverse infecties veroorzaken, met name in de uiers van melkkoeien (mastitis).
Escherichia coli is een enterobacterie die in de darmen van mens en dier leeft zonder ziekte te veroorzaken. Hij is zelfs nuttig en maakt deel uit van de normale darmflora van gezonde mensen. Maar het kan infecties veroorzaken als het ergens anders in het lichaam terechtkomt, zoals de lagere urinewegen, de buik of de hersenen in het geval van pasgeborenen. Van bepaalde pathogene stammen van E. coli (bijvoorbeeld de toxineproducerende O157:H7) is bekend dat zij via voedingsproducten van dieren op mensen kunnen overgaan. Bij mensen kunnen dergelijke bacteriën leiden tot koorts, misselijkheid, braken, buikkrampen en diarree, die in sommige gevallen fataal kunnen zijn.
Klebsiella pneumoniae is een andere soort enterobacterie die algemeen voorkomt in het spijsverteringskanaal van gezonde mensen en dieren. Toch is het een van de meest voorkomende veroorzakers van ziekenhuisinfecties en infecties van de urinewegen en de luchtwegen, met name longontsteking. Bij pasgeborenen kan Klebsiella pneumoniae de bloedbaan infecteren, wat leidt tot een hoger sterftecijfer. Dit type bacterie heeft ook het vermogen om gemakkelijk meerdere vormen van antibioticaresistentie te verwerven.
Ook vermeldenswaard zijn Acinetobacter baumannii en Pseudomonas aeruginosa, die behoren tot de zogenaamde ziekenhuispathogenen, omdat zij vooral infecties in ziekenhuizen en verzorgingstehuizen veroorzaken. De resistentie van deze twee bacteriesoorten tegen antibiotica als laatste redmiddel, zoals carbapenems en polymyxines, neemt toe, zowel nationaal als wereldwijd.