Estuários com cunha salina
Um estuário com cunha salina tem uma mistura mínima, e a água salgada forma uma cunha, mais espessa na extremidade do mar, afunilando até uma camada muito fina no limite da terra. A penetração desta cunha muda com o fluxo do rio. Durante as condições de cheia, a cunha recuará, e durante os caudais baixos, estender-se-á mais para cima, rio acima. A foz do rio Mississippi nos Estados Unidos é um exemplo clássico. A mistura na fronteira entre a água doce e salgada faz com que a camada superficial entremeada de água salgada e se torne mais salina à medida que se desloca em direcção ao mar. Para compensar a água salgada arrastada, há um movimento lento da água salgada em direcção ao estuário em profundidade. Como as águas de fundo são ricas em nutrientes derivados de restos vegetais e animais em decomposição, esta circulação tem o efeito de bombear nutrientes para o estuário e estimular a produção biológica.
Partículas orgânicas e inorgânicas transportadas pelos rios tendem a flocular (agregar numa massa) e a sedimentar-se quando encontram água salgada. Afundam-se desde a camada de água doce até à cunha de sal e são transportadas para montante. Quando a matéria orgânica se decompõe, adiciona ainda mais nutrientes ao estuário. A matéria inorgânica fixa-se no fundo e fornece um sedimento enriquecido para plantas floríferas adaptadas à água salgada. Entre as marcas de maré, as florestas de mangue florescem em condições tropicais, e os pântanos salgados formam-se em condições temperadas e subárcticas. Abaixo da maré baixa, as ervas marinhas formam canteiros densos em substratos lamacentos. Em áreas de um estuário onde o movimento da água é suficientemente vigoroso para remover sedimentos, deixando um fundo pedregoso ou rochoso, as plantas enraizadas são substituídas por algas marinhas. Estas têm uma estrutura especial conhecida como holdfast, que se prende a qualquer superfície dura. O fitoplâncton flutuando livremente na água beneficia do elevado nível de nutrientes, especialmente perto da cabeça do estuário, e cresce rapidamente, fornecendo alimento para os animais microscópicos na coluna de água, o zooplâncton. Como esta comunidade é transportada para jusante nas águas de superfície, os organismos mortos e as pelotas fecais dos animais afundam-se em direcção ao fundo e entram na cunha salina para serem transportados de volta para a cabeça do estuário. À medida que se decompõem, adicionam ainda mais nutrientes à água.