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La Royal Society ebbe origine il 28 novembre 1660, quando 12 uomini si incontrarono dopo una conferenza al Gresham College di Londra di Christopher Wren (allora professore di astronomia al college) e decisero di istituire “un Collegio per la promozione dell’apprendimento fisico-matematico sperimentale”. I presenti includevano gli scienziati Robert Boyle e il vescovo John Wilkins e i cortigiani Sir Robert Moray e William, secondo visconte Brouncker. (Brouncker sarebbe diventato il primo presidente della Royal Society). L’iniziativa aveva vari precursori più o meno vicini, tra cui un gruppo che si riunì a Londra nel 1645, il “Club di filosofia sperimentale” di Oxford negli anni 1650, e reti di corrispondenza come quella del riformatore e filantropo Samuel Hartlib; ma il corpo istituito nel 1660 era consapevolmente nuovo, con l’ambizione di diventare una società veramente nazionale dedicata alla promozione della scienza. Queste ambizioni furono messe in atto negli anni successivi, in particolare attraverso un atto costitutivo concesso da Carlo II nel 1662 e rivisto nel 1663. Lo statuto reale fornì una struttura istituzionale per la società, con presidente, tesoriere, segretari e consiglio. Sebbene abbia avuto il patrocinio reale quasi dall’inizio, la società è sempre rimasta un’organizzazione volontaria, indipendente dallo stato britannico.

Fin dall’inizio la società aspirava a combinare il ruolo di istituto di ricerca con quello di centro di raccolta della conoscenza e forum di arbitrato, anche se quest’ultima funzione divenne dominante dopo i primi anni della società. Uno sviluppo chiave fu l’istituzione nel 1665 di un periodico che fungeva da portavoce della società (anche se in realtà era pubblicato dal segretario, inizialmente Henry Oldenburg, e fu adottato ufficialmente dalla società solo nel 1753): questo era il Philosophical Transactions, che ancora oggi fiorisce come la più antica rivista scientifica in continua pubblicazione.

Nella storia successiva della società, diversi episodi sono particolarmente significativi. La presidenza di Sir Isaac Newton dal 1703 al 1727 vide questo grande matematico e fisico affermare il ruolo dominante della società nella scienza in Gran Bretagna e più lontano. (In precedenza, i Principia di Newton erano stati pubblicati con l’imprimatur della società). Donazioni dal 18° secolo in poi resero possibili premi per vari aspetti della scienza che vengono assegnati ancora oggi, in particolare la Medaglia Copley, che, derivando da un lascito di Sir Godfrey Copley nel 1709, divenne il più prestigioso premio scientifico in Gran Bretagna. Alla fine del XVIII secolo la società svolse un ruolo attivo nell’incoraggiare l’esplorazione scientifica, in particolare sotto il suo presidente più anziano, Sir Joseph Banks, che in precedenza aveva accompagnato James Cook nel suo grande viaggio di scoperta del 1768-71. Tuttavia, in generale, il XVIII e l’inizio del XIX secolo videro la società tendere a riposare sugli allori e diventare un po’ amatoriale. Questo fu rettificato negli anni 1830 da un programma di riforma che rinvigorì la società e la riportò ad una posizione di rilievo che ha mantenuto da allora. Nel 1919 la società inviò spedizioni per fotografare l’eclissi solare del 29 maggio dall’isola Príncipe nel Golfo di Guinea e da Sobral in Brasile, verificando la teoria della relatività generale di Albert Einstein e contribuendo a rendere Einstein famoso.