Hus en het Westers Schisma
Sinds 1378 was de Rooms-Katholieke Kerk gespleten door het Westers Schisma, waarbij de pauselijke jurisdictie verdeeld was tussen twee pausen. Als leider van de hervorming maakte Hus zonder aarzelen ruzie met aartsbisschop Zbyněk toen deze laatste zich verzette tegen het concilie van Pisa (1409), dat was bijeengeroepen om de rivaliserende pausen te onttronen en de kerk te hervormen. Het concilie kreeg de steun van de Tsjechische meesters aan de universiteit van Praag, terwijl de Duitse meesters ertegen gekant waren. De Duitse meesters, die een stemmeerderheid hadden in universitaire aangelegenheden, steunden de aartsbisschop, hetgeen koning Wenceslas zo woedend maakte dat hij in januari 1409 de universiteitsstatuten ondermijnde door de Tsjechische meesters elk drie stemmen te geven en de Duitsers slechts één; het gevolg was een massale emigratie van de Duitsers van Praag naar verschillende Duitse universiteiten. In de herfst van 1409 werd Hus gekozen tot rector van de nu door de Tsjechen gedomineerde universiteit.
De definitieve breuk tussen aartsbisschop Zbyněk en Hus kwam toen het Concilie van Pisa zowel paus Gregorius XII, wiens gezag in Bohemen werd erkend, als de tegenpaus Benedictus XIII afzette en in hun plaats Alexander V koos. De afgezette pausen behielden echter jurisdictie over delen van West-Europa; in plaats van twee waren er dus drie pausen. De aartsbisschop en de hogere geestelijkheid in Bohemen bleven Gregorius trouw, terwijl Hus en de hervormingsgezinden de nieuwe paus erkenden. Nadat hij door de strafmaatregelen van de koning gedwongen was Alexander V als de wettige paus te erkennen, bracht de aartsbisschop Alexander er door middel van een grote steekpenning toe de prediking in privékapellen, waaronder de Bethlehemkapel, te verbieden. Hus weigerde het bevel van de paus op te volgen, waarop Zbyněk hem excommuniceerde. Ondanks zijn veroordeling bleef Hus prediken in de Bethlehemkapel en doceerde hij aan de universiteit van Praag. Zbyněk werd uiteindelijk door de koning gedwongen Hus steun te beloven bij de Romeinse Curie, maar hij stierf plotseling in 1411, en de leiding over Hus’ vijanden ging over naar de Curie zelf.
In 1412 werd de zaak van Hus’ ketterij, die stilzwijgend was laten vallen, nieuw leven ingeblazen vanwege een nieuw geschil over de verkoop van aflaten die door Alexanders opvolger, de tegenpaus Johannes XXIII, waren uitgegeven om zijn campagne tegen Gregorius XII te financieren. De verkoop ervan in Bohemen wekte algemene verontwaardiging op, maar was goedgekeurd door koning Wenceslas, die zoals gewoonlijk in de opbrengst deelde. Hus stelde deze aflaten publiekelijk aan de kaak voor de universiteit en verloor daardoor de steun van Wenceslas. Dit zou hem noodlottig worden. Hus’ vijanden berechtten hem opnieuw in de Curie, waar hij onder grote excommunicatie werd gesteld omdat hij weigerde te verschijnen en waar een interdict werd uitgesproken over Praag of een andere plaats waar Hus zou kunnen verblijven, waardoor bepaalde sacramenten van de kerk werden ontzegd aan communicanten in het gebied waar het interdict gold. Om de stad de gevolgen te besparen, verliet Hus Praag vrijwillig in oktober 1412. Hij vond zijn toevlucht voornamelijk in Zuid-Bohemen in de kastelen van zijn vrienden, en gedurende de volgende twee jaar hield hij zich bezig met koortsachtige literaire activiteiten. Zijn vijanden, vooral Stanislav en Páleč, schreven een groot aantal polemische verhandelingen tegen hem, die hij op even heftige wijze beantwoordde. De belangrijkste van zijn verhandelingen was De ecclesia (De Kerk). Hij schreef ook een groot aantal verhandelingen in het Tsjechisch en een verzameling preken getiteld Postilla.